Megades hat einen gewaltigen Kampfroboter entwickelt. Mit dem will er nun seinen eigenen Schöpfer Jun vernichten. Nicht einmal die Metal Fighters sind dem Kampfgiganten gewachsen.
メタルジャックを倒し勝利宣言するメガデスは日本政府に向けて、降伏勧告を告げる。事態を憂慮した醍醐司令はメタルジャック最強の必殺技、ジャックストームの使用許可を下す。だが、これは下手をすればケンたちの命を奪いかねない、危険な攻撃方法だった。