難事件解決を闇で請け負い悪党を懲らしめるシティハンター・冴羽獠（上川隆也）。彼には相棒であり、婚約者でもある槇村香（相武紗季）というパートナーがいた。だがある日、香は、不慮の事故に巻き込まれて命を落としてしまう。茫然とする獠は、香が生前に臓器提供意思のドナーカードを作っていたことを知る。
だが、香の脳死判定後、その心臓は何者かに強奪されてしまった。1年後、香の心臓を探し続けていた獠は、胸に大きな傷を持った女性（三吉彩花）と出会う。彼女の名はグラス・ハート。ある秘密結社の暗殺部隊の一員だった。彼女は1年前に自殺を図り、香の心臓を移植され蘇生したのだ。彼女はその心臓に導かれるように獠の前に現れたのだった――。
