謎の無人メカ軍団に破壊される宇宙開発用ステーション“桃色珊瑚（ももいろさんご）”。 生き残った無力な少女アムリ、ペリエ、すずの三人は訳もわからぬまま、軌道上に浮かぶ巨大な廃棄物集積衛星“ガラパゴス”に連れ去られる。 パペットエージェントの“うかたん”と共に、医療用カプセル“ユテリス”内に籠もり、救助を待つ無防備のアムリたちだが、敵は無数の兵器を結集させ完膚無きまでの攻撃を仕掛けてくる。 未知なる敵の目的は？ 無垢なる少女たちの運命は？ 生き残るための大事な鍵を握っていたのは、偶然手に入れたアダプター専用宇宙服だった！
救助の来ない漆黒の宇宙空間。 空気を求めて廃品衛星ガラパゴス内部を探索するアムリ、すず、ぺリエ、うかたんは、遊園地のような広大な空間にたどり着く。 襲い来るドールエージェントは、アムリのスキン素材で作られているため、アレルギー反応が起きず、撥くことも出来ない。 怪電波によっておかしくなるうかたん。 見えない何かに脅えたまま身動きがとれなくなるぺリエ。 救助作業が進まずイラつく真珠貝スタッフ。 攻撃を受け続け死線をさまようアムリ。 絶体絶命の状況下で、妄想世界へと現実逃避したすずの元に届けられる専用の宇宙服ストラ・紅孔雀。謀略渦巻く星の海で少女たちのギリギリの攻防は続く！
ストラ・ユテリスドゥを着込み、別人格ヴェルニエとなったぺリエは、地球環境破壊装置オゾンブレイカーの生体パーツとして、アムリ・すずを利用する。 国連の一斉攻撃、真珠貝の強攻フォーメーションが、地球上空で展開される中、人類絶滅の最終兵器を積んだガラパゴスは、遂に地球に墜落する！ ファースト・アダプター《フェミナ》の導きに、少女たちは奇跡のカミングシフトを起こせるのか？！