Berserk raconte l'histoire de la rencontre de Guts et de Griffith, chef de la Troupe du Faucon, une bande de mercenaires à la solde du royaume de Midland. De cette rencontre naîtra une amitié ambiguë, mais néanmoins efficiente : la présence de Guts, guerrier à l'épée démesurée, se révélera vite indispensable à l'ambition du jeune Griffith, bretteur et tacticien hors pair. L'anime est ainsi le récit de l'ascension et de la chute de la Troupe du Faucon, et de la relation entre Guts et Griffith, particulièrement complexe, entre relation d'intérêt (Griffith utilise la force de Guts), respect mutuel (les deux se considèrent mutuellement en tant que soldats), et affection profonde (chacun a besoin de la présence de l'autre de façon inexplicable).
Particulièrement crue, la série animée l'est pourtant moins que le manga qui se montre sans concession dans sa façon de présenter les choses : la religion, la pédophilie, l'infanticide, l'inceste, le viol et les nombreux massacres renvoient une image particulièrement sombre de l'âme humaine, dont Griffith est à ce titre le plus parfait représentant. En filigrane apparaît donc une réflexion sur l'homme, partagée entre sa monstruosité (les monstres étant une représentation physique de la part d'ombre qui sommeille en chaque homme), sa violence (le monde de Berserk est ravagé par plusieurs guerres), son ambition (illustrée à merveille par le rêve et le machiavélisme de Griffith), ses désirs (notamment sexuels), et la volonté inhérente à tous de rechercher à faire le bien, et ce parfois au détriment des autres.