"אליפים" מביא את סיפורם של תלמידי שכבת ט' בפנימייה החקלאית "גנות".
זו השנה הראשונה של התלמידים בפנימייה, הפותחת להם צוהר מהיר לחיים כבוגרים: התלמידים מתנתקים מהבית לראשונה, חיים ביחד עם נערים ונערות בני גילם וחווים אהבות, פחדים, התרגשויות ולחצים.
במרכז הסיפור עומד רוני, נער מתבגר שאיבד את אימו ועובר ללמוד בבית הספר החקלאי גנות, שם הוא מקבל את הכינוי "אליף", שמשמעותו תלמיד שנה ראשונה בפנימייה.
במסגרת המעבר לפנימייה נאלץ רוני להתמודד עם תלמידים גדולים ממנו, עם טקסי קבלה משונים אותם עוברים תלמידים חדשים, עם חברים חדשים וגם עם אהבות חדשות.
הרקע של רוני שונה מהרקע שמוצג בספר, וכאן הוא מגיע כבנו הלא מוכר של ראש הממשלה מנישואיו הראשונים. אחרי מות אמו, רוני מגיע לגנות על מנת שלא לגור עם אביו ומשפחתו החדשה, ממנה הוא מסתייג. רוני אינו מעוניין שידעו על הרקע ממנו בא, והוא שומר על סודו בקנאות.
הסדרה תעקוב אחר חייהם הבלתי שגרתיים של התלמידים, שגם גרים בפנימייה בחברה נטולת הורים וגם לומדים בבית ספר חקלאי עם ערכים ירוקים ולימודי סביבה.
הסדרה תעסוק במתח בין אינדיבידואליזם לקונפורמיזם, בין יחיד לקבוצה, בנושאים של שייכות (למקום, למשפחה, לקבוצה), ברצון להיות חלק מקבוצה תוך שמירה על זהות אינדיבידואלית.