Sark entführt den Mathematiker Neil Caplan. Dieser soll Sloane eine Rambaldi - Maschine zusammen bauen. Währendessen überlegt sich Sydney, ob sie nicht endlich ein neues Leben beginnen sollte - ohne die CIA.
Sydney must make a life-defining decision regarding her future with the agency, while Sloane re-emerges and continues his obsessive quest to piece together the mysterious Rambaldi artifacts - with the reluctant aid of a kidnapped scientist. Meanwhile, Dixon's marriage is put to the test after he tells his wife the truth about his occupation.
Sydney et Vaughn se réveillent dans les bras l'un de l'autre. Syd l'informe qu'elle souhaite quitter la CIA et changer de vie. Kendall, son supérieur hiérarchique, ne veut pas la laisser partir et l'informe que si elle décide de quitter l'agence elle ne pourrait plus voir sa mère. Sark kidnappe Caplan, un brillant mathématicien, pour le compte de Sloane, pour qu'il l'aide à décrypter un manuscrit de Rambaldi ...
Mivel az SD-6-ot sikeresen felszámolták, Sydney azt fontolgatja, hogy kilép a CIA-tól, és civil foglalkozást választ. Kendall nem fogadja el a felmondását. Sloane elrabol egy matematikust a családjával együtt. Sydney úgy dönt, hogy mégsem mond fel, és részt vesz a matematikus kiszabadításában. Az elrabolt tudós egy különleges eszközt fejlesztett ki, melyet egy svájci bank trezorjában őriznek, és melynek segítségével sikerülhet összeállítani egy középkori kéziratban leírt csodafegyvert. Sloane bejut a bank páncéltermébe, és megszerzi a műszert...
Sydney deve decidere in merito al suo futuro. Sloane le rivela di avere sempre saputo la verità e di averla usata per liberarsi una volta per tutte dell'Alleanza. L'uomo intende scoprire cosa si cela dietro una nuova invenzione di Rambaldi e si serve di un brillante scienziato che è stato minacciato.
Con la partecipazione straordinaria di Christian Slater.
Sydney terá que tomar uma decisão sobre o seu futuro na agência, enquanto Sloane retorna à SD-6 e continua sua obsessiva busca para reunir os misteriosos artefatos de Rambaldi — mesmo que para isso ele tenha contar com a ajuda de um cientista que foi seqüestrado. Enquanto isso, o casamento de Dixon é posto em teste quando ele conta a verdade sobre o seu trabalho para a sua mulher. E Sydney finalmente se forma na faculdade.
Sydney Bristow (Jennifer Garner) vuelve a sentirse presionada por el SD-6, pese a vivir uno de los días más importantes de su vida. La joven espía acaba de terminar sus estudios de postgrado y quiere celebrarlo por todo lo alto. No en vano, Sydney se plantea abandonar la Agencia de Inteligencia, pero el subdirector Kendall (Terry O'Quinn) le advierte que si deja la CIA no podrá seguir viendo a su madre. Además, Sloan (Ron Rifkin) le confiesa a Sydney que conocía su condición de agente doble y le advierte que no se entrometa en sus planes si no quiere que su vida se convierta en un infierno.
Por otro lado, Marshall (Kevin Weissman) y Dixon (Carl Lumbly) viven momentos intensos después de descubrir la verdad sobre el SD-6. Marshall consigue adaptarse a su nuevo puesto, pero Dixon se siente traicionado y su mujer le empuja a dejar la vida de agente secreto.
Sloane je opět na scéně a chce sestavit Rambaldiho artefakty v novou zbraň. Sám to nedokáže, a proto unese matematika Caplana, který jako jediný může pomoci.
Sydney moet een cruciale beslissing nemen met betrekking tot haar toekomst bij de dienst. Sloane duikt weer op en gaat door met z'n obsessieve speurtocht om mysterieuze artefacten van Rambaldi bij elkaar te zoeken. Hij probeert dit met de onvrijwillige hulp van een gegijzelde wetenschapper (Christian Slater). Het huwelijk van Dixon ligt onder vuur als hij z'n vrouw alles vertelt over z'n werk. Sydney's afstuderen is bitterzoet.
