Vaughn missachtet Befehle und versucht Sydney und Jack zu helfen die Zerstörung des SD-6 Hauptquartiers und seiner Insassen abzuwenden. Während dessen führt McKenas Cole seine Rache an Sloane fort und sucht nach einem mysteriösem Gerät. Eine verzweifelte, aber trotzdem zielstrebige Frau überzeugt Will seine Nachforschungen an SD-6 und der Gefangennahme von David McNeil fortzuführen.
Vaughn disobeys orders and attempts to help Sydney and Jack avert the destruction of SD-6 headquarters and all its occupants. Meanwhile, McKenas Cole continues his vendetta against Sloane and searches for a mysterious device. A desperate but determined woman convince Will to continue his investigation of SD-6 and the imprisonment of David McNeil.
Cole, le mercenaire qui a pris en otage les membres du SD-6, recherche un flacon qui a un rapport avec Rambaldi. Il soumet Sloane à un interrogatoire musclé. Dixon parvient à envoyer discrètement un mail pour alerter la CIA. Vaughn, qui n'est plus l'agent traitant de Sydney, fait tout pour qu'une intervention soit déclenchée, mais ses supérieurs sont sceptiques. Pour en avoir le coeur net, il se rend seul au SD-6 et aperçoit une étrange camionnette garée au sous-sol ...
Sydney csak Jack segítségének köszönheti, hogy McKenas Cole nem fedezi fel a rejtekhelyén. Cole figyelme Sloane és egy titokzatos készülék felé irányul. Ezt a pillanatot használja fel Dixon arra, hogy e-mailben értesítse a CIA-t az eseményekről...
Vaughn disobbedisce agli ordini e tenta di aiutare Jack e Sydney ad impedire la distruzione della SD-6. Cole continua la ricerca di un misterioso dispositivo. Will indaga sulla morte della moglie di McNeil, che è stata fatta passare per un suicidio. Cole viene catturato dalla CIA, insieme ad una misteriosa fiala con liquido.
Terwijl Sydney in een benarde situatie verkeerd, zorgt haar vader voor afleiding. Ze kan daarna de C4 onschadelijk maken. Dixon vindt dat deze situatie erg genoeg is om om de CIA te waarschuwen. Vaughn komt op eigen houtje en helpt Sydney. Het hoofd van de groep overvallers is een man die werkt voor een groepering onderleiding van een man die bekend staat The Man. Lukt het Sydney om SD-6 te redden?
Vaughn desobedece a ordens e tenta ajudar Sydney e Jack a evitar a destruição da SD-6. McKenas Cole continua sua vingança contra Sloane e procura por um misterioso dispositivo. Uma mulher desesperada e determinada convence Will a continuar sua investigação sobre a SD-6.
Sydney descubre una carta escrita por su padre en la que le advierte de la caótica situación que se le avecina. Después de que Sloane active la alarma de seguridad y se abra el sótano SD, se desencadenará una fuerte explosión. Sydney debe desactivar tres cargadores antes de que los intrusos puedan averiguar el código de seguridad del sótano y se produzca la detonación.
Por otro lado, los intrusos toman a Dixon como rehén, pero éste consigue despistarles y ponerse en contacto con la CIA, explicado el peligro que corre. Vaught recibe el mensaje de Dixon y, en contra de lo que dictan las órdenes oficiales, decide ir a ayudarle. En el SD-6 se reúne con Sydney y juntos consiguen desactivar el primer cargador. A continuación, se dividen para inutilizar los dos cargadores que aún están escondidos.
Drama v SD-6 pokračuje. Dixon dokonce zavolá na pomoc CIA. Ti v naprostém utajení pomohou a získají z trezoru lahvičku s neznámou tekutinou. Sydney ještě popřemýšlí o svém záměru opustit SD-6.
