Bordées par les océans Indien et Pacifique, l'Indonésie et les Philippines sont une mine d'or biologique. Nicolas Hulot propose d'en découvrir les richesses, en partant de la pointe Est de l'Indonésie, en Papouasie-Occidentale. Survolant la zone à bord d'un ULM, il croise un peuple papou de chasseurs et pêcheurs. Au crépuscule, avec le biologiste Laurent Ballesta, il découvre un mur de méduses. A 500 km de là, aux îles Célèbes, Nicolas et Laurent rejoignent le détroit de Lembeh. A la nuit tombée, ils plongent pour filmer de magnifiques créatures marines. Dans la réserve de Nantou, Nicolas rejoint la zoologue Lynn Clayton, qui lui présente le babiroussarf. En forêt, il s'initie au déchiffrage des codes de communication chimique des insectes et des végétaux. Enfin, dans la baie de Donsol, il découvre l'extraordinaire requin baleine.