Nicolas Hulot parcourt les chemins de Bornéo, la quatrième plus grande île au monde, découverte au XVIe siècle par les navigateurs occidentaux. Très montagneuse et recouverte de forêts denses, Bornéo présente une nature sauvage, peuplée d'animaux hors du commun. Aux côtés de l'entomologiste Arthur Anker et du spéléologue Stéphane Girard, Nicolas Hulot, suspendu à un ballon gonflé à l'hélium, rend visite à une colonie de chauves-souris insectivores dans l'une des plus grandes cavités naturelles au monde. Pendant ce temps, dans l'Etat du Sabah, une autre équipe rejoint le biologiste John Naïr pour observer les derniers rhinocéros de Sumatra, la panthère nébuleuse et quelques plantes rares. Ailleurs, Nicolas Hulot et la vétérinaire Marie-Claude Bomsel s'inquiètent pour les orangs-outans de la réserve de Sépilok.