突然日本に現れた野生の青年･アマゾンは、彼を狙う悪の使者･十面鬼、そして獣人たちに対し、古代インカ帝国に伝わる秘密のエネルギーを秘めたギギの腕輪で仮面ライダーアマゾンに変身して戦いを挑む！
「アマゾン、貴様を殺す！」ゲドン一味の血のメッセージが届いた。先兵は吸血コウモリ獣人。その暗い闇の中からの襲撃。そしてついに、罪の無い人々までもが犠牲となった。アマゾンは怒り、そして叫ぶ！
野生児･アマゾン、彼の目に映る光景は何もかも新しかった。ものすごいスピードで走るオートバイ、それは恐怖であり、危険の象徴でもある。だが、藤兵衛とマサヒコの温かい友情でアマゾンの心は安らぐのであった｡
ガガの腕輪とギギの腕輪の秘密。山村という人に会えばきっと分かる。アマゾンの心は躍った。倉庫、工場、そしてビルからビルへとアマゾンは走る！ やっと山村に会えたアマゾンを待ち受けていたものは!?
アマゾンが警察に逮捕された。心配して駆けつける立花藤兵衛。そしてアマゾンに、暗い土の底から不気味なゲドンのあいさつが送られる。その名はモグラ獣人！
アマゾンは傷ついたモグラ獣人を助けた。だが、情けなんかいるかとヤセ我慢するモグラ獣人。そこへ出現する針の弾丸･ヤマアラシ。インカ縄文字の謎をめぐってアマゾンとの戦いが繰り広げられる。
ゲドンはマサヒコと友だちのひろみを人質にして、アマゾンを捕えようとした。マサヒコたちの救助に向かうアマゾン。だが、その前に立ちはだかったのは人食い大蛇だった。
ゲドンがマサヒコの学校を襲った。恐ろしいワニ獣人が現われ、用務員のおじさんを食べて子供たちをさらったのだ。助けに駆けつけたアマゾンは、逆に犯人として捕えられてしまう。危うしアマゾン！
次々に起こる謎の少女蒸発事件。ロープを手に、ゲドンを追ってビルの谷間に舞うアマゾン。だが、カニ獣人の鋭い歯が今にもロープを切ろうとしている。危うし、アマゾン！
闇に光る不気味な瞳。血に飢えたゲドンの魔手が平和な保育園の園児を襲う。怒りに燃えるアマゾン。だが、待ち受けた黒ネコ獣人の毒の爪がアマゾンの身体に食い込む。アマゾンの命が危ない！
マサヒコが見つけた金色のカタツムリをガキ大将が奪った。だが、そのカタツムリこそ、ゲドンの恐ろしい獣人カタツムリだったのだ。マサヒコが危ない！
見た！ゲドンの獣人改造室!!
迫る！十面鬼！危うしアマゾン!!
十面鬼死す！そして新しい敵!?[注釈 27]
出たぞ！恐怖のゼロ大帝!!
ガランダーの東京火の海作戦!!
富士山大爆発？東京フライパン作戦！
ゼロの恐怖！大地震作戦!!
出動、ガランダー少年部隊!!
モグラ獣人 最後の活躍!!
冷凍ライダーを食べる人喰い獣人！
インカ人形 大東京全滅の日!?
にせライダー対アマゾンライダー!!
やったぞアマゾン！ゼロ大帝の最後!!