秘密結社「44」が何人もの人を殺してまで必死に探しているのは、国を揺るがすほどの機密事項が記された“議定書”のデータだった。しかもどうやら「44」は、警視庁特命捜査対策班の警部補・台場陣（生田斗真）が天羽大（宅麻伸）を殺害した際に、そのデータを盗んだと考えているらしく…。 台場は、天羽のパソコンを持ち出し、のちに殺害されてしまったフリージャーナリスト・磯野郷太（石井正則）が、“議定書”のデータをどこかに隠していると考え、捜査一課の刑事・七夕夕夏（土屋太鳳）とともに、磯野の実家に向かう。しかし、時すでに遅し――。磯野の母いわく、刑事を名乗る人物が訪ねてきて、遺品を捜索していった後だった…。大事なデータならいくつかコピーしておくはずと予想した七夕の言葉どおり、回りまわってフリーの記者・梶山正治（田村健太郎）がUSBを持っていることが判明！ 台場と七夕は梶山に接近してUSBを入手する作戦を立てる。しかし、梶山の自宅もすでに荒らされた後で…!? ここ最近、「44」に先を越されてばかりの事態を不審に思った台場は、入院中の特命班の室長・平安才門（向井理）の病室を訪れ、特命班にスパイがいて、「44」に情報が洩れているのではないか、と相談。平安の退院後、台場が賀来さくら（シシド・カフカ）を、平安が牡丹則行（浜野謙太）の行確をすることに…。 さらに平安は、犯罪捜査情報分析統括センターの警部でありながら、“教官”と呼ばれる「44」のトップ・占部貴教（小澤征悦）を泳がせて、「44」を解体すると誓う。しかし、その矢先、占部が突然警視庁を退職。元警察キャリアのデジタル担当大臣・清家真吾（桐山漣）の秘書に転身する。なんと占部は、将来有望な若手大臣・清家を「44」のメンバーに引き入れようと画策していたのだ！ そんな中、台場に公安部の理事官・百鬼行人（高橋克典）から連絡が入り、平安が病室から消えたという――。さらに、七夕とも突然連絡が取れなくなり…!?