なんと今回、舞台は江戸時代。ありそうでなかった時代劇設定で「ハリケンジャー」＝忍者のコンセプトが東映・京都撮影所の手によって実現した！ メインキャストがふたたび集結し、現代と江戸時代のキャラクターを一人二役で熱演、時空を超えたヒーローを体現する。キャスト自ら演じるスピーディーで華麗な忍法アクションも必見！ハリケンジャーたちの先祖5名の忍者が、世界を滅ぼすと言われる「天翔石」をめぐって“ウラ七本槍”の最強最悪の敵、オイランダ＆アウンジャとの激闘を繰り広げる。
アストラム星のプリンセス・ライーナの神秘の力を手に入れる為、姫を追ってやって来た、極悪宇宙忍猿コンビ。姫を助ける為、ハリケンジャー＆ゴウライジャー＆シュリケンジャーが強大なる敵に立ち向う。6人の力が重なり合い、白き姫の力とひとつになる時、天空神・旋風神・轟雷神の合体ロボ、天雷旋風神が出現する!! ― 映画でしか見られない合体ロボの誕生だ!!
突然、ハリケンジャーを五色のシルエットが襲う！ガオレンジャーだ!! 何故、正義の味方の彼らが？納得のいかないハリケンジャー。 ゴウライジャーも襲われ、ガオキングが旋風神と轟雷神に迫る!! さらに、手を組んだチュウズーボの弟・チュウボウズとヤバイバ＆ツエツエ！このままでは地球の平和が危ない！ハリケンジャー、ゴウライジャー、シュリケンジャー、そしてガオレンジャーが流派だけでなく戦隊を超え一つになる時、最強の力が誕生するのだ!! 超忍法で破鬼退散だ!!
宇宙忍群ジャカンジャから、命懸けで地球を守りぬいた忍風戦隊ハリケンジャーと、電光石火ゴウライジャー。あの戦いから10年が過ぎたころ、世界各地にある「宇宙統一忍者流」の支部が次々と襲われるという事件が発生した。調査に赴いたハリケンブルーとハリケンイエローの前に現れたのはなんと、かつてのハリケンレッド＝椎名鷹介だった…