高校2年生の片切友一（浮所飛貴）は、母の教えを守って、幼い頃から“お金よりも友達を大切にする”をモットーに、明るく学生生活を送っていた。両親を亡くして以来、貧乏生活を強いられている友一だが、どうしても友だちと一緒に参加したいと、必死にアルバイトをして修学旅行費を捻出。しかしある日、クラスメイトの修学旅行費200万円が盗まれる事件がぼっ発する…！
片切友一（浮所飛貴）は、仲のいい高校のクラスメイト、美笠天智（佐藤龍我）、四部誠（井上瑞稀）、沢良宜志法（久保田紗友）、心木ゆとり（横田真悠）とともに何者かに拉致され、『トモダチゲーム』に参加することになる。友情さえあれば簡単にクリアできるゲームのはずだったのに、この中の誰かが背負った莫大な借金が絡んできたことで、第1ゲーム開始早々、裏切り者が出現！ 疑心暗鬼になった5人の友情にヒビが入ってしまった…。友一の機転でなんとか第１ゲームをクリアした5人は、第2ゲームを前に「何があっても俺たち5人は友達だ！ 今度こそ信じ合おう！」と、友情を再確認する。
友達の秘密を暴露して自分の借金を減らすという壮絶な第2ゲーム『暴露スゴロク』が、ついに最終ピリオドを迎える。片切友一（浮所飛貴）は、沢良宜志法（久保田紗友）を憎んでいる美笠天智（佐藤龍我）が、自分たちをこの『トモダチゲーム』に巻き込んだ張本人だと気づく。そして、暴露ペーパーにウソを書いたら強制的にトップになるというゲームのルールを利用して、裏切り者・天智をつるし上げようと考える。そんな中第2ゲームは、友一の衝撃の告白を以て思わぬ形で終了し、四部誠（井上瑞稀）と心木ゆとり（横田真悠）を含めた5人の友情は、とうとう崩壊してしまう――。
片切友一（浮所飛貴）と美笠天智（佐藤龍我）、そして素性を隠し潜入したトモダチゲーム運営・水瀬マリア（片山友希）の３人と、バスケ部の先輩後輩で構成され固い結束で結ばれた５人が争う第３ゲーム『友情かくれんぼ』がスタートした。 友達同士が協力して相手チームの友情を壊すこのゲームは、それぞれ選出した隠れ役ひとりが広大の森のどこかに隠れ、探し役となった残りのメンバーが相手の隠れ役を見つけたら即終了、という対戦形式の変則的なかくれんぼ。 数的不利な状況にも関わらず、まったく焦る素振りを見せず食事にがっつく友一に、さすがのマリアもあ然。さらに、対戦相手の鬼瓦百太郎（猪狩蒼弥）や柱谷千聖（金指一世）にまで「このままじゃオマエの仲間が死んじまうぞ」とあきれられるありさま。 バスケ部のキャプテンで隠れ役・門倉十蔵（岩﨑大昇）がいかに素晴らしいかを語り始めた鬼瓦に、そんなにいいグループなら…と、友一はまさかの寝返りを宣言！ 賛成派と反対派で意見が割れる中、紫宮京（藤井直樹）は、キャプテンの門倉に判断してもらおうと言い始める。すると、友一は「こんな簡単なことも自分たちで決められないのかよ！」と挑発。思わず黙り込んだ柱谷、丹羽万里（那須雄登）を横目に、とうとう鬼瓦がブチギレて…!? 一方、運営の火室ノベル（菊池風磨）と布袋昭稔（杉本哲太）は、ゲームの行方について考察を繰り広げていた。友一の計算をさらなる先まで読んだノベルは「このスイッチでゲームが大きく動く！」と、断言するのだが…!? そんな中、ゲーム開始から３日目に突入し、空腹で衰弱しきっている天智は意識もうろうで――。
第３ゲームをクリアした片切友一（浮所飛貴）と美笠天智（佐藤龍我）。沢良宜志法（久保田紗友）がトモダチゲームに関わっているのではないかと疑う天智は、会場から出たら本人に問いただそうと心に決めていた。しかし、学校の前でワゴン車から放り出された２人の前に心木ゆとり（横田真悠）が現れ、四部誠（井上瑞稀）と志法の２人が消えたと告げる。 ゆとりいわく、第２ゲームが終わり、３人が登校すると修学旅行費を盗んだ疑いで四部と志法の２人への誹謗中傷が激化し、学校に来なくなり、以来、行方が分からないという。 その折、突然友一のアパートにトモダチゲーム運営の火室ノベル（菊池風磨）が現れる。ノベルは驚く友一に、衝撃の過去について語り始める――。さらに、ゲーム運営が四部を拘束していること、保釈金１億円を払えば解放することを告げ、ハイリスクハイリターンな『大人のトモダチゲーム』への参加を勧める。「トモダチゲーム」をぶっ潰すと心に決めた友一と、同じく参加を表明した天智は集合場所に向かうのだが…!? はたして、これまで以上にリスクの高い『大人のトモダチゲーム』とは!? そして志法の行方は――？
トモダチゲームの主宰者・火室ノベル（菊池風磨）の提案で、『大人のトモダチゲーム』に参加することになった片切友一（浮所飛貴）、美笠天智（佐藤龍我）、心木ゆとり（横田真悠）。３人は会場で運営に拘束されていた四部誠（井上瑞稀）と久々の再会を果たす。しかし、喜びもつかの間…参加者16名が全員で協力し、ドミノ16万個を並べ終えればクリアできる『友情の檻ゲーム』に挑むことに。全員がおとなしくドミノを並べ続けるなんてありえないと参加者が不安になる中、１日目は無事に終了する。そして迎えた２日目の朝、会場に入った参加者はがく然…。なんと並べたドミノがすべて倒されていたのだ！ 誰がドミノをめちゃくちゃにしたのか、全員が疑心暗鬼になる中、後田渡（ひょっこりはん）の姿が見えず…？ さらに、参加者全員で無記名投票を行い、ゲームから追放する人を決めることになり、Ｋグループのメンバーや、クロキサトル（深水元基）から恨まれていることを自覚している友一は、自分が追放される可能性が最も高いことに気づき、追いつめられていく。 そんな中、紫宮京（藤井直樹）がクロキに急接近！ 「友一を絶対に許さない」という共通認識で繋がった２人は、密かに手を組む約束を交わす。友一を奈落の底に突き落とすべく、チャンスをうかがう２人――。 一方、素性を隠してゲームに参加している運営のリーダー・布袋昭稔（杉本哲太）は、ほかの参加者に、手際が悪くドミノを並べることもままならない後田を追放しようと持ちかける。思うところのある友一は必死に阻止しようとするのだが…!? そんな彼の様子を運営ルームから見ていた水瀬マリア（片山友希）は、友一が意外と仲間思いだと感心する。すると隣にいた沢良宜志法（久保田紗友）が…!? 全員で協力するのか、ひとりで抜けがけするのか、はたまた誰かを追い出す裏工作に精を出すのか…。参加者たちのどす黒い思惑が渦巻く中、ついに追放者第１号が決定する。そしてこれを機に、追放されないためにとほかの参加者に媚びる者や、リーダーシップを発揮してターゲットをいじめる者が出現し、本性むき出しの醜い争いが始まる。 周りは全員、敵！ 張り詰めた空気の中、ハイリスクハイリターンな心理戦はどんどん加速していく――。
ドミノを並べ続ける傍ら、無記名投票によって追放者を決定する『友情の檻ゲーム』。強者が弱者に圧をかけ、弱者は強者に媚びて生き延びようとする…まさに《社会の縮図》ともいえるこのゲームでは、時間の経過とともに追放者が続出していた。さらに、鍵を手に入れたという何者かが出現！ 残っているメンバーを見渡した片切友一（浮所飛貴）は、自分を含めた美笠天智（佐藤龍我）、紫宮京（藤井直樹）、クロキサトル（深水元基）の少数派４人は、この先いつ追放されてもおかしくないと考え始める。四部誠（井上瑞稀）、門倉十蔵（岩﨑大昇）、宮部紗央莉（皆本麻帆）、種田流星（小越勇輝）、水谷恵子（山下容莉枝）、花宮満（田畑志真）の多数派６人の中に手紙を書いた張本人がいると予想した友一ら４人は、これまでいがみ合ってきた対立関係を一時休戦。まずは追放を回避するべく、手を組むことに！ そんな中、新たな追放者が決定。驚きを隠せないトモダチゲーム運営の水瀬マリア（片山友希）や、何か考えのありそうな沢良宜志法（久保田紗友）。そんな折、外出先から戻った火室ノベル（菊池風磨）は何やら神妙な面持ちで…!? 信じられるのは自分だけ…。相手の裏の裏をかく、一瞬も気の抜けない心理戦は、ますますエスカレートしていく！
いよいよ『友情の檻ゲーム』が最終局面を迎え、見張りのいない１日が始まる。片切友一（浮所飛貴）、美笠天智（佐藤龍我）、紫宮京（藤井直樹）と一時的に手を組んでいたクロキサトル（深水元基）は、密かに鍵を入手。見張りのいない日に、友一らを裏切ってひとりで脱獄しようと目論んでいた。巨額の賞金を独り占めし、友一らに吠え面をかかせてやると、ひとりで浮かれるクロキだが…!? 一方、トモダチゲームの主宰者・火室ノベル（菊池風磨）は、“悪人”の本性むき出して「運営をぶっ潰す」と宣言した友一に、最後の勝負を持ちかける。天智、四部誠（井上瑞稀）、心木ゆとり（横田真悠）、そしてトモダチゲーム運営に身を置く沢良宜志法（久保田紗友）ら“友達”を人質に取られ怒りに燃える友一は、火室の用意したゲームに挑む。すると火室がこれまで秘めてきた２人の過去について語り始めて…!? 友一と火室の因縁の戦いが、ついに決着の時を迎える――。 友達とは何なのか、そして真の友情とは？ 嘘、嫉妬、駆け引き、裏切り…人間の欲望がむき出しになる究極の心理ゲームがついにクライマックス！ 本当の裏切り者は、果たして誰だ！？
