ついに修理代を払い終えたコータっ！ 気持ちを新たに、ボトルバトルへの想いを熱く燃え上がらせる。 ファン感謝デーのイベント会場！ コータと開いていく差に悔しさをにじませていた宰田ミツヤは、 最新式ボトルマンを手に入れるっ！ 喜びをかみしめるミツヤの前に現れたカオリが、 勝負の相手を名乗り出て……！？ コントロール勝負のボトルバトル、 勝利の女神はどちらに微笑む！？
コータVSミツヤ！！ 親友の水野イロハのジャッジのもと、ボトルバトルが始まったっ！ 高速連射のコーラマルDXスピードコアカスタムと正確無比なコントロールのアロサイダーＤＸ。 観客が注目する中、互いに笑顔で技をぶつけ合い、必ずコータに追いつくと誓うミツヤ！ そのバトルの様子を見ていたローランドとリョウ。 ここでもふたりの意見は食い違うが…。 果たして勝負のゆくえはっ！？
失踪中のボトルキングがこの街にいるっ！？ 突如飛び込んできたニュースをよそに、技の練習に熱中するコータ。 そこへ、ルールに厳しいミスターフェアプレイこと伊獣院シマンが現れる！！ 平和を愛し、力を持つ者としての義務を説くシマンに、コータは共感できない……。 ボトルバトルの平和を守れってなんだっ！？ 意見の食い違いから、またまたコーラマルＤＸをかけて勝負開始だっ！！
『紅蓮の猛牛』赤牛ツバサと『百獣の殲滅王』金士師レオが出場するボトルロイヤル！！ 早くも始まるパワーとスピードの三闘神対決に、観客席は大盛り上がり！ 一方コータは、暴れたリョウが行方をくらましたと知らせを受ける。 必死にリョウを探すコータの前に、タンサターンDXを持つ斬サンタが立ちふさがる！！ バトルどころじゃないってのに、このサンタなんだかしつこいぞ……！？"
コータを守って派手に壊れ、ボロボロになってしまったコーラマルDX。 このままじゃ、機体丸ごと交換の危機！？ そんなのコーラマルDXじゃなくなっちゃう！ 相棒を抱え、どうすれば良いのか悩むコータ……。 そこへ、コーラマルDXのデータを手に入れたとカオリからの突然の連絡！ 頼む、相棒を助けてくれっ！！ 相棒を直してもらうため、望みをかけてカオリにたくす！！
パワーアップと共に復活を遂げたコーラマル・エナジーDX！！ そこへ現れたリョウと、コータはさっそくボトルバトル！ コーラマル・エナジーDXの強力ショットと、アクアスポーツDXの高速連射が バッチバチにボトルターゲットを狙いあうっ！！ シュワシュワ絶好調のコータと、妙な感じがしていまいち集中できないリョウ。 いったい、この違和感の正体はなんなんだっ！？
俺たちは帆狩家、護衛の黒服。 ちょっぴり大人な株の話をしよう……って、ん？ な、なんと！？BMAの他に、まさかの新団体の設立だと！！ 三闘神、ボトルスター、新人や大人気のボトルバトラー達はどちらの団体に参戦するのか？ それに、コータが不参加？ 慌ただしくなってきた！！ さらに株の動きと会社の存亡っ？ いったい何が起きているのだーー！？ これ以上仕事を増やさないでくれ！！！
ついに始まった「BMA」対新団体「B-DACT」の天下分け目の三番勝負！ BMA側には三闘神・赤牛ツバサをはじめ、実力者たちがそろいぶみ！！ しかし、人数の少なさがちょっぴり不安だー！！ 開幕早々、B-DACT側の激しい攻撃で相次ぐリタイア！ そしてそして、コータはまさかの不参加！？ 圧倒的に不利な状況のBMAは勝利を狙い、ローランドの作戦が動き出すっ！
穏やかな様子から一変、豹変したハク。 それは噂の裏の顔！？ 味方のはずなのに、ポイントを「B-DACT」に入れて寝返った！？ ハクからの素早い連射に反撃の余裕もなく、防戦一方で追いつめられるリョウ。 「これまでか……」。 覚悟を決めた、その時。 颯爽と現れ、特殊ルールのひとつである決闘を申し込んだのはローランド！！ 他を圧倒するハクのバトルを、止めることはできるのかっ！？
突如、シトラス参戦表明の報せが入った！！ 失踪していたボトルキングが、ついに現る！？ 瞬きすら惜しい展開になってきたぁー！！ リョウの代わりにハクの前に立つアヤタだったが……。 そこへいきなり現れたのは、なんとコータだった！！ 戦う意思はなかったものの、成り行きでバトルをすることに！？ ハクの超速片手撃ち連射が炸裂するっ！ 決着はいかに？ 大注目、シトラスの正体とは……！？
ハクのボトルマンが合体した！！ 二体のボトルマンから、一体のクールなボトルマンにグレードアップ！ そんなんありかよ！？ コータのもとへシマンが助太刀参上し、三発同時発射で対抗だ！！ 互いに激しく撃ち合うなか、いつしかハクとシマンはコータの取り合いに話がヒートアップ？？ さらに、シトラスがボトルバトルを作り直そうと言う！ コータの選ぶボトルバトル道とはいったい……！
自らバースト状態となり、狂気に呑まれたレオ！ ツバサを吹っ飛ばし勝利をおさめる！ そこへ現れたリョウ。 「ボクは君を止めに来た！」 ……だが乱入してきたハクによってバトル中断っ！ ハクとシトラスは、新たな三つ目のチーム起ち上げを宣言する！ 勝負はなんと三つ巴戦に！？ チームシトラスは圧倒的な強さを見せ、一気にトップへ躍り出る。 大混乱のボトルバトルは、第二試合へと突入だ！！
「オレは、ボトルバトルをやめる」 ツバサの衝撃的な引退宣言に、ショックを受けるコータ！ 静かに少年時代を語るツバサ……。 憧れたのは、帆狩イオのような強いボトルキングだった…。 信念がゆらぎ目標を失ったツバサに、もう一度ボトルバトルをやりたいと頼むコータ。 コーラマル・エナジーDXとレイドブレイブDXの正々堂々パワー勝負！ 師匠と弟子、夢のボトルバトルがいま始まるっ！
ボトルバトルの未来をかけた、最終試合がついにスタート！ ハクとシトラスの強さは圧倒的っ！ 「ボクたちのボトルバトルはボクたちが守る！」とリョウ。 ボトルキング・シトラスを倒すために、三闘神ツバサとレオが手を組んだ！？ チームの垣根を越えた最強タッグが大暴れ！ 必殺ショットが次々飛び交う熱いボトルバトルを見逃すな！ ついにシトラスの愛機ドラゴジーナDX長い時を越えて降臨！
ハクが選んだボトルバトルは、プッシュボトル！しかもボトルターゲット特別仕様！ コータの軽いショットだとビクともしない！？ 嫉妬の炎を燃えあがらせるハクのロイヤルグリフォンDXが炸裂！！ けど、コータも押されてばかりじゃない反撃だ！！ 最強オブ最強のシトラスとドラゴジーナDX！の前に立ちふさがるリョウ。 全力全開スピード連射のアクアスポーツDXで喰らいつくっ！！
ボトルキング・シトラス、謎のダウン！？ 会場は騒然とするが、すぐに立ち上がったことでボトルバトル続行！ ドラゴジーナDXから次々と繰り出される攻撃は、冷静かつ正確無比。 縦回転の４発同時発射に激しく翻弄されるリョウ。 スキのないショットで追い立てられるっ！！ 紙一重の回避を続け、リョウは果敢に立ちむかう！ さらにコータの参戦！ ボトルバトルの未来は、どうなっちゃうの～！？