万博の開催を間近に控えた首都・東京。スカイツリーのレストランでは世界各国の来賓たちがパーティーを楽しんでいた。その裏でスカイツリー爆破計画が進行しているとも知らずに……極秘任務を受け、爆弾の在処を探している香月、レイ、夏目、久我山らGOSのメンバー。その時、武装した工作員の集団がレストラン会場を襲撃する！猛スピードでスカイツリーに向かってくる有人ヘリ！ヘリには大量の爆弾が積まれていた！万事休す、と思われたその時、GOSのリーダー羽柴が現れる！しかし、この爆破計画は単なる序章に過ぎなかった
公安調査庁の高原から羽柴たちに与えられた任務は、三日後の東京万博開催までにテロ組織ムンドの潜伏先をあぶり出し、テロを未然に防ぐことだった。残された時間は72時間。公安警察が確保したムンドの末端工作員の携帯端末から、国内のある組織との繋がりに気付く羽柴たち。それはいま関東一帯で勢力を急拡大している最凶最悪の犯罪集団で
テロ組織ムンドの最高指導者ヴィンスがフィリピンを出国したとの情報を得た羽柴たち。潜伏先が特定できない中、唯一の手掛かりは三か月前に失踪したウイルス学の世界的権威、御薬袋教授の行方。鍵は筑波にあると考えた羽柴たちは御薬袋教授の研究チームが入っている研究施設へと向かう。しかし、そこは蟻一匹入れないほどのセキュリティシステムで守られた要塞で
研究施設からは大量の天然痘ウイルスが消えていた。羽柴たちは教授の失踪前の行動からテロ組織の日本国内での潜伏先を突き止める。アジトに殴り込みをかける羽柴たちだったが、既に御薬袋教授は殺害されていた。アジトには既存の天然痘ウイルスに手を加え、新たに培養された生物兵器「新型天然痘ウイルス」が！無事兵器を奪うことに成功した羽柴たちだったが、彼らの前にある人物が現れて
中国大使館員を名乗る諜報員・張健龍らによって生物兵器を奪われた羽柴たち。一方その頃、香月の妻と娘がムンドの手によって拉致されていた。「家族を返して欲しければ、中国から兵器を奪い返せ」と新たな要求を受ける香月たち。羽柴と香月は張健龍の後を追うが、そこで目にしたものとは
張健龍たちは新潟の漁港から海路で中国を目指していた。その前に羽柴と香月が立ちはだかる。張健龍の部下・劉梓豪の強さに圧倒される羽柴たち。一方その頃、夏目はPCモニターを操作していて……中国側に寝返ったレイだったが、その真の目的は？――生物兵器を巡る戦いが始まった！
生物兵器は再びムンドの手に渡った。羽柴たちに残された時間は9時間を切っていた。唯一の手掛かりはヴィンスと一緒にいた日本人・井川の存在。SNS上から井川の痕跡を捜し始める夏目だったが、井川はある人物と繋がっていて――。一方、羽柴はメンバーの中に”内通者”がいるのではと疑い始めていた
井川の痕跡を追ってある別荘に辿り着いた羽柴たちだったが、羽柴に銃を向ける人物がいた！銃を向けたまま対峙する羽柴たち。そこで、羽柴の知られざる過去が明らかになる。羽柴とある人物との因縁、香月の過去……そしてついに、今回のテロ予告の真の目的が明らかになる
テロ決行まで残り3時間を切っていた。井川に付けた発信器を辿り、敵のアジトに向かう羽柴たち。しかし途中で通信が途切れ、井川の行方を見失ってしまう。その時、羽柴の携帯が鳴る。電話の主は思わぬ人物だった。そしてついにGOSとヴィンスの最終決戦が始まろうとしていた。激しい銃撃戦の最中、ある人物が命を落とし
ヴィンスは生物兵器を手にスカイツリーを目指していた。目的は東京を壊滅させ、テロで蔓延した世界へと変貌させること。そしてもう一つの目的は――？！テロ決行の時刻まで残り30分。瀕死の羽柴はヴィンスを追うが、遂にその姿を見失う。気を失って倒れる羽柴の耳にある声が届いて――
