薩摩・長州の両藩に対抗すべく、幕命により伏見奉行所に拠点を移した新選組。数日後、近藤が軍議から帰る途中で何者かに狙撃される事件が起こる。生死の境をさまよう近藤。その知らせを耳にした沖田は、病の身を引きずりながら山南の部屋へ向かう――。日に日に激化する薩長軍との戦いで、新選組は次第に劣勢を強いられていく。そんな中、土方はある決断を下す。
Isami essuie un tir et est grièvement blessé. À l'aube de la bataille finale, les hommes du Shinsengumi doivent choisir d'ingérer ou non la potion.