全国で３５０を超える店舗数を誇る「本屋」・・。 しかしそこには、ベストセラーも新刊もない。車・ジャズ・アウトドア・映画。ビリヤード台に本を山積みにし、派手な外車が置いてある。自称「空っぽ」の大学生・杉下啓三は、ヴィレッジヴァンガードで衝撃的な出会いをする。儲け度外視でガラクタに溢れた店、常に行方不明の店長、常識からかけ離れた変人バイトたち・・でもそこには、彼の人生に必要な「全て」があった。
まだまだ新米の杉下（岡山天音）だけれど、文学好き常連さん（森川葵）との出会いでポップ書きに挑戦する！しかし書いたポップは店長（滝藤賢一）に没にされ… どうやったらお客さんに届くポップを書けるのか、悩む杉下は謎の男権藤（平田満）からアドバイスをもらったり、先輩バイトの今中（最上もが）に助けられたり、山本（本多力）に蹴られたり、岩瀬（柏木ひなた）につつかれたりしながら自分の想いをポップに託していく！
ヴィレヴァンの棚は独特なセンスで彩られている。そんな本棚にまつわるお話。 ― 棚のレイアウト変更を考えた店長川上（滝藤賢一）だったが、今中（最上もが）や岩瀬（柏木ひなた）にはまったく相手にされず、新人のふたりにやらせてみることに。 「君たちに特殊任務を与える！」 てこ入れのため、文芸棚を作りかえてほしいと頼まれた杉下（岡山天音）とリサ（森川葵）は、途方に暮れる。。 困った杉下が権藤（平田満）に相談したところ、「リサの個性を引き出して、棚にぶつけるんだ！」とアドバイスをもらう。バイト後のリサをつかまえて居酒屋で相談することに成功した杉下は、あらためてリサが文学好きであることを知るが…さらに彼女の中には驚きのパッションが隠されていた！？ 翌日、昨夜の記憶を失っていたリサは杉下に土下寝という最上級の謝罪方法で失礼を詫びる。そして悩んだ末にふたりが作った文芸棚は、売れ筋の本を並べたものだったが…ヴィレヴァンらしからぬラインアップはあまり好評とはいえず… 「ここは遊べる本屋、ヴィレッジヴァンガード」 世間の評価ではなく、自分の好きに忠実になっていいお店。好きで溢れた店内だからこそ、この文芸棚にも好きをぶつければ必ずいいものになる！自身と向き合ったリサは、本を好きになったきっかけを思い出す。それが『銀河鉄道の夜』。リサの好きを全力でぶつけた棚を見て、今中や山本（本多力）は感慨深げ。
ヴィレヴァンの仕入れは店員のセンスに任されているという。そんな仕入れにまつわるお話。 ― 店長川上（滝藤賢一）からグッズの仕入れを頼まれた山本（本多力）は、激辛唐辛子を使った死神チョコで勝負をかける… 岩瀬（柏木ひなた）のセンスを信じ、ゾンビに扮した今中（最上もが）とリサ（森川葵）の手も借りてセットで実演販売したところ、辛さに悶絶してゾンビ化したお客さんの姿がＳＮＳでバズり予想以上の売行きに！
今回は万引きにまつわるお話。 ― 杉下（岡山天音）やリサ（森川葵）などバイトも総出で棚卸しを敢行したところ、不明のロス金額が前代未聞の数字となり動揺する一同！そして全員で万引き対策に熱を入れた結果、お店からお客さんがいなくなってしまった。。「万引きって実際お店潰れちゃうこともあるのね。私さ、この店なくなるのは絶対やなの」と想いを吐露する今中（最上もが）だったが、万引き騒動は意外な幕切れに…
今回は売り上げにまつわるお話。 ― 売り上げ不振について指摘される店長川上（滝藤賢一）、このまま改善しないと店長交代…それならばいっそのことこの店を川上色に染めてしまうことに！店長自らが持ってきた、図入りで自動車整備を説明する「Haynesマニュアル」など、まさに川上のセンスが発揮された商品の数々が店頭に並ぶが、客足は変わらず…。このまま川上はヴィレヴァンを去ってしまうのか！？
今回は店長会議にまつわるお話。 ― 杉下（岡山天音）がバイトを始めて早一年。レベルアップしているが、いかんせん人手が足りない！そんなロードサイド店で、今年の店長会議は開催されるという。ドレスコードは「謝罪」… そうして当日、いつの間にか店長になっていた皆がそれぞれ「謝罪」を表現した服装（やコスプレ）でやって来る。久しぶりの再会に沸き立つ一同。やはり会議はほぼ行われず宴会が始まる。
イオンモール店に異動となった杉下（岡山天音）は、ゾンビのようになった店員達に“ヴィレヴァン魂”を思い出させるべく闘魂注入を試みるが…。 杉下がヴィレヴァンで培ってきた常識は、モールという商業施設の一般常識に反し通用しないことばかり。 そんな中、かつての仲間小松リサ(森川葵)が現れ、二人はモール店の再起を図る。 「一般常識を守りながら、やりすぎとも言える個性を丸出しにしてやろうじゃないの！」
今回、杉下たちが悩まされるのは商業施設の“ルール”。 ヒマすぎるモール店を盛り上げようとする杉下とリサだが、「あれもダメ、これもダメ」と怒られてばかり。 サブカルに浸りすぎた杉下たちは、もはや何が正解かわからない… 閉店後、悩める二人が釣り糸の先に本やレコードを付けて釣りをすると、なんとあの男が釣れる。 そしてモールの中で、夜中に野球を始める杉下たち。ルールを破った先に、何が見えるのか！？
店長代理の杉下は、防災担当者としてアパレルのギャル店員（大場美奈・SKE48）とペアを組まされる。しかし彼女は意味不明なギャル語と奔放な性格で、杉下を翻弄する… にわかアニメファンのギャルに苛立ちをつのらせ意思疎通に苦しむ杉下は、正真正銘のアニメオタク今中(最上もが)に助けを求める。沸き立つ歓声の中、アニメオタク魂をぶつけ合う“ラップバトル”の火蓋が切られる！
杉下（岡山天音）たちはお客様に大人気の『たべっ子どうぶつグッズ』の販売を強いられる。 いくら売上のためとはいえ、そんなのサブカルじゃない！と否定的な店員たちは、あのグッズの達人・山本(本多力)の力を借りようと一号店へ。 クイズ山本昌男カルトQで、どれだけ自分を分かってくれているかを試そうとする山本！その面倒くさい茶番に付き合いつつも、杉下たちは“サブカルとは何か”を突き詰めていく…。
今回は販売イベントのお話。 売上げが芳しくないと相談を受けた杉下は、アイドル・岩瀬雪(柏木ひなた)を呼んでの実演イベントで集客を狙う。一方、岩瀬はアイドルへの理想と現実の違いに嫌気がさし、アイドルを辞めて普通の店員としてヴィレヴァンへ戻って来たいと願う。 岩瀬へのオファーもうやむやのまま、モールでは着々とライブイベントの準備が進む。 それぞれの意思がすれ違うまま、ステージ開演の時刻が迫り…。
