Tras el declive de Tiahuanaco y Huari o Wari volvieron los Estados Regionales al Antiguo Perú. Algunos de estos pequeños reinos fueron la Cultura Sicán o Lambayeque, la Cultura Ichma, la Cultura Chincha, o la amazónica Cultura Chachapollas, famosa por su magnífica ciudad de Kuélap o el Gran Pajatén. Pero sin duda el gran reino de la época fue Chimor, o Reino Chimú. Su fundador fue Tacaynamo y su capital fue Chan Chan, la mayor ciudad de adobe del mundo. Para el año 1200 nació el curacazgo de Cuzco con Manco Cápac, que fue el primer estadio de la Civilización Inca. Estos se tuvieron que enfrentar a muchas poblaciones locales hasta que Viracocha, líder inca, decidió huir ante la invasión de los chancas. Fue su hijo Pachacútec quien les venció y logró el puesto de sapa inca, convirtiendo a los incas cuzqueños en un imperio llamado Tahuantinsuyo. Este Imperio apenas tuvo un siglo para crecer. Con Túpac Yupanqui se expandieron una barbaridad territorialmente, y mientras fueron sometiendo al resto de reinos vecinos fueron asimilando muchas de sus costumbres además de imponer las suyas: lengua, religión y organización politico-económica. Quizás su mayor obra fue la ciudad de Machu Picchu, situada en el valle sagrado del Urubamba. El crecimiento del imperio se vio interrumpido cuando llegó a la zona el conquistador Francisco Pizarro, quienes lograron capturar al inca Atahualpa después de la guerra civil contra su hermano Huáscar. Todo acabó con la conquista de Cuzco y tiempo después con la destrucción del Neo-Imperio Inca de Vilcabamba.