劇場版第2弾の成功を祝して休暇を取った鷹の爪団の面々が帰省先からアジトに戻ると、なぜかアジトが荒らされていた。さらに博士が謎の失踪を遂げてしまった。消えた博士を探し出すために、博士の故郷であるテキサスに向かった鷹の爪団は、そこで博士の出生の秘密を知ってしまう。そしてその陰では、新任のオババ大統領の政策のせいで業績が落ちてしまった巨大軍需企業、サドルストーン・コーポレーションが博士に最終兵器を開発させていた。
