日米共謀により極秘裏に建造された日本初の原子力潜水艦「シーバット」。しかし、シーバットは試験航海中に海江田四郎艦長指揮の下、突如反乱逃亡。米軍はシーバット撃沈を決定する。追撃してきた米海軍の前に出現したシーバットは、全世界に向けて独立国「やまと」を宣言、米艦隊の包囲網を突破し、同盟締結のため日本へ向かった。苦悩する日本政府は、「やまと」を護衛するために海上自衛隊護衛艦隊の出動を決定。日米が一触即発の状態に入った。事態を収拾するため開かれた緊急首脳会談は紛糾、結論の出ないまま護衛艦隊は米艦隊の攻撃にさらされる。専守防衛の国是の前になすすべのない護衛艦隊。だが、これを同盟国への攻撃とみなした「やまと」は、米艦隊に壊滅的な打撃を与える。通常魚雷を撃ち尽くし、もはや武装は核兵器のみとなった「やまと」は、ついに東京湾に姿をあらわす。