ゲーム病を克服した天津垓はある目的のために、プレジデントプログライズキーを使いヒューマギアに幻夢コーポレーションの社長業をラーニングさせた。予測通りヒューマギアには檀黎斗のバグスターウイルスが感染、檀黎斗が復活する。垓は黎斗に復活させた目的を伝えようとするが、黎斗は全く聞く耳を持たない。垓は目的を達成するため、新しいドライバーを手にする──。
Kamen Rider Genms -Smart Brain and the 1000% Crisis- (仮面ライダーゲンムズ-スマートブレインと1000%のクライシス, Kamen Raidā Genmuzu ─ Sumātoburein to Sen-Pāsento no Kuraishisu ─) is a TTFC-exclusive crossover special between Kamen Rider Ex-Aid and Kamen Rider Zero-One, while also featuring elements of Kamen Rider 555. Serving as a sequel to Kamen Rider Genms -The Presidents-, Gai's journey to learn more about Genm Corp. has its consequences when he faces a revived Kuroto Dan once again. Following the events of Kamen Rider Genms -The Presidents-, Gai Amatsu has managed to set up a proper office for his new company, Thouser-Intellion. He revives Kuroto Dan by giving him a Humagear body to possess. Chaos ensues...