強人總統去世後，政局進入紛亂的多頭領導。同時間國際上柏林圍牆倒塌、六四天安門事件後，進步思潮席捲而來，開啟一個風起雲湧的年代。 黎清波必須面對黨內不同陣營的反撲。一個手無實際兵權的總統，處境宛如「虎口下執政」，每一天都是煎熬。副手和閣揆人選乃是兵家必爭之地，想拔擢誰都將牽動權力分配。 一場深夜的密訪，終於商討出了解決之道。在黎清波的就職典禮上，記者一句「身為台灣人，你有能力治國嗎？」預告了未來執政的艱鉅挑戰…
漁船擱淺，偷渡客悶死的消息從大陸傳到報社，獨家新聞報裡亂成一團，林逸君認為應該立即揭露。 但採訪主任王照陽要求查證屬實前不准報導。而他自己則秘會了國家黨秘書長鍾主諭。總統府內，黎清波也從情資裡獲知偷渡客窒息的消息，大為震怒。 這不僅牽涉人道問題，也對他未來兩岸的維穩布局產生了極大的壓力。楚長青陣營亦是嚴陣以待。章有成獻策：若把偷渡、罪犯問題視為對岸故意製造騷亂，把此事件拉升到國安的層次，並把燙手山芋丟回去給黎清波陣營。
偷渡客遣返意外事件而引起國際關注。為了平息來自美方的壓力，黎清波被迫開啟兩岸互相接觸、談判的契機。 但是長期以來，兩岸缺乏正式官方管道，雙方要如何放下敵意、盡釋前嫌？為此，黎清波安排了祝仕真裡用秘密管道跟對岸接觸，沒想到消息竟走漏了！ 反共反了大半輩子的楚長青，完全沒辦法接受黎清波與大陸對談的意圖，對中華民國而言，這就是「通敵」！楚長青在院內招開軍事會議，章有成獻策，讓密使消息見報，引起喧然大波！
夜晚的大學校園，原本寧靜的氛圍因軍警入侵而起了騷動。警察包圍台研社社團辦公室，為首的簡正仁、廖偉明，被以「閱讀禁書、會見台獨人士史明」為由帶走。 此時校園裡已有學生抗議聲起，大學校長們也紛紛諫言此舉有害校園自主。而江志偉也在阿偉的店串連民主黨人士進行學生的救援。 同時間發生的爆炸事件，竟意外成為保守派反擊的著力點…就在兩大陣營互相拉扯的時刻，黎清波認為真相並不單純。他把查訪爆炸案真兇的秘密任務交付沈建宇。
章有成將爆炸案與獨台事件掛鉤在一起，試圖借力使力痛擊府方。而沈建宇不負黎清波的期望，順利破案，一舉逆轉輿論風向。獨家新聞報在這一連串的風波下，努力走在新聞自由與政治角力的獨木橋上。 但在報社被強行搜索之下，楚長青陣營意外獲得了釜山艦的情資，打算利用這一局跟黎清波正面對決。 最後報社決定用「頭版空白幹字」抗議楚長青搜索報社，妨礙新聞自由。當林逸君看到刊頭，心中不無激動。那是她不畏強權、從事記者的初衷。
釜山艦買不買，終於演變成檯面上的衝突。壓力接踵而至，中韓終於無預警斷交了。民間反韓情緒爆發，大浪來襲誰能倖免？正當楚陣營質疑府方外交不力之時，府方也在立法院放出「院長召開軍事會議」的消息，意圖轉移焦點。決戰時刻終於來臨，黎清波召見楚長青，要他為掀起的喧然大波負責，自動請辭。 然而楚長青認為自己捍衛中華民國，並未做錯任何事，堅不辭職。章有成身在其中，對自己的未來焦慮萬分。真如他所言「最後一步就只剩下政變了」…
有「政治金童」之稱的新國家黨連線邵壯國，主張革新國家黨、加速憲政改革、反對金權、反對台獨等立論，博取了群眾熱烈的喝采。章有成的臨陣倒戈，成了壓垮楚長青最後一根稻草。楚長青選擇吞下苦果，與黎清波妥協。 另一方面，邵壯國辭官參選大勝，同時花蓮也爆發作票疑雲，林逸君與江志偉見證了這個時刻。面對國家黨分裂的疑慮，沈建宇陷入了天人交戰，在忠誠於國家和愛情、信念之間，沈建宇產生了動搖。他終於提筆立下了辭呈。
挾立委大勝之勢，邵壯國宣布成立「新國家黨」，楚思江成為新國家黨的發言人，氣勢十足，再也不是昔日的嬌嬌女。提出辭呈的沈建宇此時帶著許芷伶找到同案受害者家屬的家裡，許芷伶身上埋藏多年的秘密終於被解開。 在一次廟會參拜的行程中，總統竟然遇刺了！林逸君不知何處得到此消息，連忙跟王照陽求證，另一方面鍾主諭秘書長也向王照陽施壓，要求掩蓋新聞。 病房中，黎清波跟沈建宇講了「身為台灣人的悲哀」，沈建宇深受感動…
鐘主諭秘書長找來法務部長葉九昇、章有成，商討「公民直選」、「委任直選」的看法，卻引爆一場激辯，究竟是維護黨的利益優先，還是順應民意帶動民主改革？ 面對陳木寬的參選，還有是否開放總統直選的爭辯，竟然成為國家主權的保衛戰！雙方都力求在決戰時刻獲得最終勝利！ 一場「直選案」將產生國家黨權力翻天覆地的巨變？另一方面，許芷伶將多年以來在招待所蒐集的所有資料，全部交給了林逸君，沒想到這份資料，卻造成了她生命中的風暴…
台北市長選舉，陳木寬、邵壯國和國家黨王市長三強鼎立。陳木寬在江志偉的建議和改造之下，不斷帶動風潮，吸引年輕選民的目光。章有成匯報選情，王市長並不樂觀，建議「棄邵保王」，黎清波沉默，未置可否。 林逸君手中的資料接連被王照陽與社長打壓，於是她另求出路，在雜誌刊出之時，果然引起喧然大波！在國家黨全面追查消息洩漏來源之時，許芷伶走向了逃亡之路。在陳木寬最後的造勢場合，章有成和楚思江隱身其中，兩人的將來該何去何從？ 不論結果如何贏家是誰，可以確定的是：「一個新的時代即將來臨」。
中國的百澤湖事件（原型為千島湖事件）奪去了20多名台灣人的生命，並迫使總統黎清波立即暫停兩岸交流。中國當局試圖通過偽造報告來掩蓋這一事件，這反倒在台灣引起了民憤。儘管中國方面的阻撓，BTV記者蘇婉甄透過自身關係獲得了該事件的獨家照片。她不滿足於對百澤湖報導的貢獻，自願去調查雲林的幫派糾紛以補駐地記者之不足，在那裡她遇到神秘的陳慶堂。 在不斷變化的國際空間下，台灣受到美國的不公平待遇，以及有黑幫背景的政客的崛起，將迫使台灣的人民和總統在爭取民主的道路上面對困難的決定。
夏威夷事件和黎清波的外交政策引起了中國的外交風波，新國家黨趁機攻擊黎清波。然而，不退縮的黎總統計劃經由總統辦公室主任祝仕真和通過掌握大量資源的陳氏家族的幫助下對美國進行正式訪問。 在國內，黎清波在二二八紀念館的揭幕儀式上公開向二二八受害者家屬道歉，這成為王照陽政治談話節目的話題。新國家黨試圖攻擊總統為二二八道歉，而民主黨則試圖邀功。記者蘇婉甄積極報導二二八事件，卻意外地勾起了他父親當年經歷的另一個政治事件--1949年澎湖七一三事件的回憶。
陳慶堂利用他與卡西迪公關公司的關係，在總統黎清波訪問美國的問題上取得了進展。 與此同時，宏太尼龍廠在沒有警告的情況下關閉。當工人們抗議並要求廠主出面解決工資問題時，民主黨人也加入了聲援行列，以提升自己的形象。在同一次抗議活動中，蘇婉甄的大學舊友潘天堂重新出現在她的生活中。 工廠老闆向新國家黨求助，新國家黨轉而向陳慶堂求助，壓制媒體對工人抗議活動的報導。蘇婉甄發現自己的新聞都被壓下，納悶中發現幕後黑手竟是陳慶堂⋯⋯
看到黎清波成功解決了工廠停工事件，新國家黨氣憤不已，推出了《1995正九月》一書（原型為《一九九五閏八月》）。在政治談話節目《2030全民開講》上，該黨發言人用這本書指責黎清波的行為將使台灣陷入戰爭。在媒體的煽風點火下，《1995正九月》在公眾中引發了激烈的討論。祝仕真還發現，該書的大部分內容似乎是根據軍隊的機密情報編寫的。因此，國家安全委員會副秘書長鄭之富建議總統到前線視察，以安撫軍方。 另一方面，潘天堂從未想到自己會被派往馬祖的最前線高登島。他將在極其困難的生活條件下一夕數驚。
黎清波對康奈爾大學的訪問在陳慶堂的協助下得以實現。面對來自中美雙方的聯合壓力，總統就如何對待他的演講做出了計劃。由於陳慶堂的暗中幫助，蘇婉甄獲派採訪康奈爾大學的演講現場。 然而，儘管黎清波總統的演講「民之所欲，常在我心」贏得了觀眾的讚譽，但也激怒了美國和中國，他們認為這種脫稿演說沒有誠信可言。因此掀起了一連串的國際事件，有可能會破壞台灣海峽的平靜。
黎清波的講話立即引起了中國的軍事反應和抗議，引發台灣股市暴跌。此外，在陳宗玄的推薦下，黃海伯和楚長青脫離黎清波的國家黨，作為新國家黨的正副總統候選人參與競選。為了對付他們，總統辦公室主任祝仕真選擇提名有地方派系背景的地方政治家參加即將舉行的立法選舉。 同時，陳慶堂結合美日官員，搭建名為「至善小組」的臺美日秘密溝通平台，進行三方情報交流。與此同時，潘天堂在高登島發現中共水鬼上島，全島警戒等級立即提升到最高。
一家地域性報紙報導國家黨提名的候選人有黑道背景。消息傳出後，該報社遭到不明人士的暴力破壞。記者蘇婉甄立即再赴雲林進行深入調查。蘇父幾天來聯繫不上女兒，便請求陳慶堂協助，將女兒從雲林救出。 與此同時，民主黨和新國家黨在王照陽的談話節目中攻擊國家黨的黑金政治，迫使國家黨的法務部長葉九昇召開新聞發布會，承諾嚴格執法。另一方面，陳宗玄指示陳慶堂的弟弟陳慶濟幫助在野黨，押寶雙方以維護陳家利益。
蘇婉甄被強行帶去和周定榮吃鴻門宴，但陳慶堂及時趕到，將蘇婉甄帶回台北。當陳慶堂要求蘇婉甄下次更加小心時，她正義凜然回答說「不畏強權勢力是記者的天職」。事實證明，她對周定榮的逼問是正確的。因為在立委陳志堅公開指名周定榮殺人事件後，司法部門終於把他抓了起來。 與此同時，陳慶堂的弟弟陳慶濟在晚宴上向BTV楊董引薦新國家黨黨員，希望增加新國家黨的曝光率。第三屆立委選舉結果，新國家黨大有斬獲，奪得21席。在陳慶濟牽線下，新國家黨與民主黨共飲「大和解咖啡」，決定支持方光耀角逐立法院院長。然而民主黨籍的臺北市長陳木寬卻受陳宗玄之邀另有一場咖啡會。事後仍由國家黨現任院長劉勝方出線。
隨著總統選舉臨近，中國再次試圖用導彈影響選舉，高登島忽然傳來爆炸巨響。 動蕩的局勢迫使美國、台灣和日本迅速召開了「至善小組」會議。國安會副秘書長鄭之富向美國表態台灣將誓死守護國土。為了提升台灣的民心士氣，黎清波公開宣稱中國發射的導彈不含實彈頭，公眾無需恐慌。 同時，祝仕真請求陳慶堂充當間諜，在中國取回情報。然而，為了這樣做，陳慶堂不得不違反家族利益，這使他跟父親決裂。當他離開時，他去找蘇婉珍，向她做最後的告別。
陳慶堂在取回情報後被公安包圍。眼見無逃生可能，為求不遭俘獲，陳慶堂引爆瓦斯自盡。此外，就在台灣即將舉行首次總統直選之際，解放軍的武裝直升機開始出現在高登島附近。 蘇婉甄拍攝了簡短的紀錄片《同島一命》，報導了這次選舉中台灣人命運的關鍵所在。人們以壓倒性的投票率投下歷史性一票。而高登島的官兵則在前線抵禦可能的威脅，堅守「同島一命，死裡求生」的理念，為維護國家的日常生活而戰鬥到底。