異色の経歴を持つ刑事・仲井戸豪太（桐谷健太）の活躍を描くシリーズ最新作。ある日、夜間パトロール中の交番巡査・田口（湯江タケユキ）が、後頭部から血を流し、意識不明の状態で倒れている男性を発見。豪太と、アメリカ赴任から帰ってきたばかりの刑事・目黒（磯村勇斗）ら強行犯係の面々は現場へ急行する。
人気俳優・葛城悠真（山下航平）が何者かにスパナで殴られ、顔を蹴りつけられるという傷害事件が発生する。牛島（伊藤淳史）も、豪太（桐谷健太）ら強行犯係に必ず犯人を検挙するようハッパを掛ける。豪太と目黒（磯村勇斗）が、入院中の葛城に事件当時の話を聞きに行くが、葛城は犯人の顔は見ていないと話す。
横浜地方裁判所みなと支部の裁判官・諸星美沙子（吉瀬美智子）が、行き交う人々でごった返す駅近くの街路で、腕を切りつけられた！ 裁判官襲撃という由々しき事態を受け、横浜みなとみらい署は検察に対し、初動捜査から加わるよう要請。横浜地方検察庁みなと支部の検事・二階堂俊介（北村有起哉）が指揮を執り、仲井戸豪太（桐谷健太）ら強行犯係の刑事たちと共に捜査に乗り出す。 ところが…なにせ襲われたのは人混みの中。犯人の割り出しは容易ではない。そもそも通り魔による犯行なのか、最初から美沙子を狙った犯行なのか――その特定すらままならない状況だ。そんな中、強行犯係は美沙子がかつて担当した裁判の公判記録を精査。傷害致死の罪で服役し、２週間前に出所したばかりの秋葉浩二（松川尚瑠輝）に疑惑の目を向ける。というのも秋葉は、実刑判決を下した美沙子に憤慨し、法廷で暴言を吐いていた上に、今回の事件発生時もアリバイがなかったからだ！ 「必ず吐かせてみせる」と意気込み、秋葉の取り調べを開始する豪太。しかし、美沙子は冷静に、秋葉＝犯人と絞り込むには証拠がなさすぎると判断。実際、捜査は難航を極めてしまい…。 そんな中、美沙子を護衛していた刑事・目黒元気（磯村勇斗）が不審人物と遭遇！ 人目を気にしながら、美沙子の自宅マンション敷地内に侵入した傍聴マニア・松久保拓郎（野間口徹）を捕まえ、みなとみらい署に連行するが…!?
強行犯係の係長・江戸（古田新太）の娘が被疑者に⁉３人組の男が大量の餃子を盗む事件が発生！仲井戸豪太（桐谷健太）ら強行犯係は被疑者の一人として、三鷹蒼（濱田龍臣）に目を付けるが…。なんと江戸の娘・陽葵（飯沼愛）が三鷹のアリバイを証言！しかし、偽証の疑いが浮上し…⁉まさか陽葵も共犯なのか⁉二階堂（北村有起哉）や律子（中村アン）ら検察チームも苦戦を強いられる究極の取り調べが始まり…！真実を暴くのは誰か⁉
横浜みなとみらい署の署長・牛島正義（伊藤淳史）は初めて高校の同窓会に出席。高校時代に片想いをしていた同級生・城山由希子（黒川智花）と久々に再会を果たす。相変わらず可憐で清楚な由希子から、39歳という若さで署長を務める今の自分を褒められ、うれしさで胸がいっぱいになる牛島。ところが突如、楽しい同窓会の空気が一変する事件が起こってしまう。なんと牛島の目の前で、同窓生・津川亮太郎（敦士）が赤ワインを口にした瞬間、泡を吹いて倒れ、亡くなってしまったのだ！ まもなく津川の死因は、ワインに混入された劇薬による急性中毒だと判明。出席者の一人が撮影していた動画や聞き込みの結果から、津川が同窓生の誰かからワイングラスを受け取ったことも分かる。だが、動画からも肝心な相手は特定することができず…。 つまり、犯人候補は牛島も含む同窓生49人！ 署長が捜査対象者になるという前代未聞の事態に戸惑いながらも、仲井戸豪太（桐谷健太）ら横浜みなとみらい署強行犯係の面々は捜査を開始。県警の捜査一課長・見城長一郎（池田成志）の指揮のもと、横浜地方検察庁みなと支部の検事・二階堂俊介（北村有起哉）＆立会事務官・仲井戸みなみ（比嘉愛未）らと共に調べを進めていく。 すると…同窓生たちの証言から、怪しい人物が2人浮上する。1人は津川と以前トラブルがあったという唐沢吾郎（忍成修吾）。そして、もう1人はあろうことか由希子！ 清楚で可憐だった由希子からは想像もつかない“今の顔”を知り、牛島は激しく動揺するが…!?
横浜みなとみらい署強行犯係の刑事・仲井戸豪太（桐谷健太）は、検事の二階堂俊介（北村有起哉）から無銭飲食強盗事件の追加捜査を命じられ、てんてこ舞い。そのさなかに、高架下の広場で矢口久志（舟津大地）という男がケンカの末に暴行を受ける事件が起こる。加害者の男は、止めに入ったホームレスを突き飛ばして逃走。強行犯係の面々は覚醒剤の売買をめぐるトラブルだとにらむが…。 なんと、早々に捜査は暗礁に乗り上げてしまう。ホームレスは加害者の顔までは覚えておらず、さらに矢口も面識のない人間とケンカになったと証言したきり、黙秘に転じてしまったのだ！ そんな中、110番通報した近隣住民が、制服姿の女子中学生が一部始終を目撃していたと証言。目撃者候補の中学生たちへの聞き込みを開始した強行犯係の原口奈々美（岡崎紗絵）と岸本凛（長井短）は、なぜか警察官を拒絶するような態度を取る生徒・松原未央（北里琉）のことが引っかかる。 未央は何か理由があって、本当のことを言っていないのではないか――。そう考えた奈々美と凛は後日、未央にもう一度話を聞きに行く。しかし、未央は「話したくありません」と言って背を向け…。 そんな中、事件現場を洗い直した豪太は、ついに加害者・大八木勇ニ（両角周）を捕まえる。だが加害者の大八木はおろか、被害者の矢口も、そして目撃者の未央も、頑として黙秘を貫き…!?
交番巡査・田口健介（湯江タケユキ）はパトロール中、首輪をつけた柴犬とすれ違う。その犬は管轄内の住人・水原多恵（丘みつ子）の愛犬・小太郎。怪訝に思った田口はすぐさま多恵の自宅へ。荒らされた居間で手足を縛られている多恵を発見した直後、何者かに背後から襲撃されてしまう！ 犯人は宅配業者を装った男で、多恵の家から現金20万円と仏壇の金製おりんを強奪。事件発覚直前に田口が家の前で目撃していたワゴン車に乗って、逃走したと考えられる。だが、物証からは犯人の特定が難しい上に、ワゴン車の足取りもつかめない状況だ。犯人を取り逃して自責の念に駆られる田口のためにも、横浜みなとみらい署強行犯係の刑事・仲井戸豪太（桐谷健太）らは全力で捜査を展開。やがて盗まれたおりんが質屋で見つかるが、売りに来た男・釧路諸介（オラキオ）の姿を防犯カメラで確認した途端、豪太の顔色がさっと変わり…!? 一方、強行犯係の新係長・目黒元気（磯村勇斗）も“まさかの事態”に直面する。なんと、以前取り調べた傷害事件の被疑者が、起訴後に容疑を否認。目黒は冤罪を主張する担当弁護士・松平修二（神保悟志）から「強引な取り調べで自白させた」と難癖を付けられ、“検察側の証人”として出廷することになったのだ！ しかも、松平は狡猾な手法で、これまで何人もの検事を苦しめてきた敏腕弁護士。さらに裁判長は…目黒が想いを寄せる、あの鋼の判事・諸星美沙子（吉瀬美智子）！ 目黒は美沙子の元カレでもある検事・二階堂俊介（北村有起哉）に呼び出され、苦戦必至の反対尋問に備えて練習を始めるが…!?
離婚調停中の1児の母・久保田涼子（橋本マナミ）が、夫側の弁護士・五十嵐明（徳重聡）にグラスを投げつけ、顔に全治1カ月のケガを負わせた。ところが送検されてもなお、涼子は頑として黙秘を貫く。そこで担当検事の亀ヶ谷徹（西村元貴）は勾留延長を請求するが、なぜか涼子は判事・諸星美沙子（吉瀬美智子）の勾留質問では理由こそ語らないものの、罪については素直に是認。証拠隠滅も逃走の恐れもないと判断した美沙子によって請求は却下され、涼子はいったん釈放される。 しかし、この美沙子の判断がまさかの裏目に出てしまう。亀ヶ谷が在宅で取り調べを続行しようとしたところ、涼子と突然連絡が取れなくなってしまったのだ！ 亀ヶ谷は被疑者が女性ということもあり、本来は二階堂俊介（北村有起哉）付きの立会事務官である仲井戸みなみ（比嘉愛未）にも同行してもらい、涼子の自宅を訪問。ところが、なんと涼子は窓から逃げ出し、駐車場へ！ 止めようとしたみなみを車に乗せたまま、逃走してしまった!! 大切な妹・みなみが拉致された!?――知らせを受けた横浜みなとみらい署強行犯係の刑事・仲井戸豪太（桐谷健太）は激しく狼狽。自らのミスで“あってはならない事態”を招いてしまった亀ヶ谷、さらに涼子を釈放した張本人である美沙子にも動揺が走る。一方、逃走中の車内で涼子と話したみなみは、事件の背景にどうにも拭えない違和感を覚え…!? そんな中、捜査は想定外の局面へ――。思わぬ新事実が次々と浮き彫りになっていき…!?
一軒家に押し入って老夫婦を拘束し、金庫から500万円を奪う強盗事件が発生。仲井戸豪太（桐谷健太）ら横浜みなとみらい署強行犯係の面々はさまざまな物証をもとに、犯行に及んだ3人組の男を次々と割り出し、スピード逮捕する。ところが…。 取り調べの結果、とんでもない事実が判明する！ 3人は闇バイトの募集サイトで集められた、互いに面識のないメンバーだったのだ。しかも、その指示役は「キング」と名乗る人物――この1年の間に少なくとも15件の強盗事件に関わり、警察がマークし続けるも、未だ正体不明の凶悪犯だった！ 起訴までにキングの正体を突き止めようと、送検された3人を必死に取り調べる検事たち。だが、ひとつも手がかりを得られないまま、最大20日間の勾留期間が終了してしまう。 そんな中、被害に遭った老夫婦のもとに突然、500万円が送られてくる。やがて、送り主はモデルの森野さやか（横田真悠）と判明！ さやかへの事情聴取を重ねる中、豪太らは彼女の婚約者・阿久津守（佐野玲於）こそがキングではないか、とにらむが…。下手に動けば即座に物証は消され、元の木阿弥になることは明白だ。キングを捕まえる千載一遇のチャンスを目の前にしながら、手も足も出せない状況に、豪太も検事・二階堂俊介（北村有起哉）も苛立ちと焦りを隠せず…。 その矢先、キングが新たに殺しの闇バイトを募集した！ 豪太はキングの尻尾を掴むため、あろうことか闇バイトに応募。二階堂らと連携し、禁断のおとり捜査に乗り出し…！ ハマの平和は俺たちが守る！――刑事と検事、そして判事・諸星美沙子（吉瀬美智子）が一丸となって立ち向かう“最後の事件”。それぞれの威信をかけた熾烈を極める捜査の行方とは…!?
