La découverte des ruines d'une cité antique dévastée par une éruption volcanique il y a plus de 3000 ans a fait resurgir le passé tumultueux et énigmatique de l'île grecque de Santorin. Aujourd'hui, chercheurs et scientifiques tentent de percer le mystère de l'un des cataclysmes les plus violents de l'histoire. Cette catastrophe a fait disparaître la plus ancienne cité méditerranéenne connue à ce jour, la cité d'Akrotiri, et a participé à l'effondrement de la civilisation des Minoens. Grâce aux scientifiques, à leurs découvertes, à l'aide d'images de synthèse, ce film permet de lever le voile sur un grand nombre de mystères qui entourent Akrotiri.