22 settembre 1968. Padre Pio ha ottantun'anni ed è al termine dei suoi giorni. È da poco passata la mezzanotte. Nella piazza stracolma di fedeli in attesa della prima messa si ferma un'auto dalla quale scende un Prelato arrivato da Roma. Il Visitatore si presenta a Padre Pio asserendo di essere venuto a titolo personale. In realtà è mandato dal Sant'Uffizio per smascherare quello che per decenni è stato ritenuto un fenomeno medievale. Padre Pio non si sottrae all'ultimo interrogatorio. Così, spronato dalle domande provocatorie del Visitatore, comincia a raccontare la sua vita. Partendo dalla sua povera infanzia a Pietrelcina, gli racconta della sua naturale dimestichezza con la comunicazione spirituale, dei primi duri scontri col "demonio" e quindi della "chiamata" di Dio. Entra come novizio al Convento di Morcone. Dopo il noviziato, passa di convento in convento, ma le sue già precarie condizioni di salute peggiorano sempre più. Si ammala gravemente.
Padre Pio è di nuovo al cospetto del Visitatore, che preme per sapere la verità sulle stimmate. E Padre Pio prosegue col racconto della sua vita. Informata delle cattive condizioni di salute del figlio, al convento arriva Mamma Peppa, la madre di padre Pio, che però, già vecchia e malata, muore dopo una breve malattia. Intanto le persecuzioni continuano. Scoppia la seconda guerra mondiale. In questo periodo l'opera pastorale di Padre Pio si intensifica. I miracoli e le predizioni non si contano più. San Giovanni Rotondo è meta giornaliera di fedeli. I morti ed i feriti prodotti dalla guerra convincono Padre Pio che è tempo di muoversi concretamente. Nasce l'idea di costruire l'ospedale. Il Visitatore lo accusa allora di aver fondato una chiesa parallela e di aver sfruttato commercialmente la sua immagine. A tale accusa Padre Pio reagisce al punto da sentirsi male. Intanto muore il vecchio padre Grazio.