지구와는 멀리 떨어진 또 다른 세계. 그곳에는 카드와 결합해 변신하는 미니카 변신 생명체, 메카니멀이 있었다. 한때 세계를 구원했을 정도로 놀라운 힘을 지닌 메카니멀들이 지구에 찾아오면서 메카니멀을 모으는 아이들인 '메카니멀 테이머'도 하나 둘 등장하기 시작한다. 귀여운 말썽쟁이 도깨비단, 찬바람 쌩쌩 이소벨, 열혈 소년 리안 등 다양한 개성을 가진 테이머들, 그리고 뛰어난 배틀 실력을 가진 수수께끼의 소년 반다인이 등장하면서 배틀은 더더욱 심화된다. 과연 누가 메카니멀 배틀을 지배하게 될 것인가!