杜仲趕往瀛台，為已奄奄一息的光緒皇帝把脈並好言安慰光緒。御醫張正元反對杜仲開的藥藥性太猛，不適宜虛弱的光緒服用。他不理眾人反對，自己煎藥，當他折返光緒寢宮，已見隆裕、瑾妃、載灃跪在床前痛哭，晴天霹靂光緒已駕崩。杜仲懷疑光緒死於砒霜毒，慈禧允許杜仲一天時間查出光緒死因。杜仲回到寢宮，已被清潔得乾淨，卻在椅腳下發現一個相識的玉珮。
世凱使人送來輪椅贈百合，更有意羅致杜仲擔任其新軍軍醫，杜仲推辭。杜仲到教堂與泰來神父交流醫術，神父請他為一位李姓好友醫治咳嗽。杜仲為他把脈後，始道出其病因並對症下藥。
杜仲從外歸來，百合向杜仲追問為哪位貴人治病，杜仲三緘其口。杜仲姑母杜秋萍擔心無子嗣，得知百合不反對杜仲納妾，遂帶少女金花到藥店給杜仲相親。杜仲在翻閱醫書之際似有發現，竟要秋萍帶金花再見他但不許她化妝。百合向伏苓傾訴杜仲納妾，伏苓替百合不值。
金花與母買嫁女餅，伏苓以為她要嫁杜仲，金花稱杜仲看出她中了汞毒，服過杜仲的藥後皮膚變得光滑。伏苓在杜府見到一戶家丁送來厚禮，感激杜仲用激將法令他家老爺服藥，伏苓有感錯怪杜仲。伏苓離開杜府後見杜仲揹着藥箱到妓院，以為他往嫖妓。
在仍未查明病因前，杜仲建議光緒飲用生理鹽水以防缺水和缺鹽。他趕到北三所告知珍妃光緒病況，珍妃寫信除了表達思念之情，還要光緒相信杜仲，才能早日痊愈。光緒依從服用生理鹽水，杜仲還帶來珍妃贈送的牡丹花，勸光緒振作。
為解開皇帝心結，杜仲願意為光緒和珍妃傳遞書信。明珠跟葛根開玩笑，故意在德齡面前不停指示他幹粗活，德齡替葛根不值，請載灃為葛根謀份好差事，載灃為討德齡歡心，聘葛根作他的近身侍衛。
德齡與載灃約會後，由葛根陪她到教堂，途中遇到義和團拳民，他們喬裝混入拳民中同到教堂。伏苓在街上遇到秋萍和杜仲，聽到拳民到教堂搗亂，擔心神父安全立即趕往。鐵骨在教堂大肆搜掠，又強迫孕婦飲符水，被杜仲和伏苓喝止。
光緒向慈禧進諫，認為與西洋諸國接觸，只為解決困局，慈禧不接受意見。光緒頂撞慈禧，自覺身分如同傀儡，把慈禧氣至暈倒。
伏苓向珍妃獻計，由她邀隆裕和瑾妃為光緒表演舞藝，可惜瑾妃舞技有限，令隆裕受傷。瑾妃斥責珍妃，更將多年不滿情緒向她發洩，珍妃心中受屈。
慈禧率眾妃到廟中禮佛，光緒與珍妃在廟外跪拜，請慈禧停止向聯軍宣戰，慈禧覺得光緒向西洋諸國屈服，不配為人君。光緒願退位讓賢，以請慈禧收回成命。慈禧以為光緒受珍妃唆擺威脅她，命人掌摑珍妃，光緒哀求至吐血暈倒。
大佐見杜仲甘願自我犧牲，有情有義，決定放過伏苓和太醫院所有人。杜仲邀伏苓返家躲避聯軍，二人在家有說有笑，忽然見百合因為擔心杜仲安全而返家，杜仲除驚喜外，更因伏苓在家而尷尬。百合見伏苓後面露不滿，伏苓也匆匆離開。
載灃向慈禧稟報珍妃死於井底之內，大家猜測珍妃怕受洋人凌辱投井自盡，但杜仲不信她投井輕生，慈禧禁止各人向光緒洩露珍妃已死。七叔要伏苓盡快查出內應和有關朝廷潛伏組織裏的奸細名冊。杜仲落井底找尋珍妃死因線索，發現井底牆壁有抓痕，他推測珍妃曾掙扎過，最終力竭而沉沒。他又從載灃的俘虜名單中，發現玉貴被捕的日期正是珍妃失蹤兩日之後。
伏苓知道百合雙腳有望康復，替她高興，用心教杜仲學習推拿，由他運用在百合身上。金贊感到欣慰，但他心感內疚，自責當年逼杜仲迎娶百合。杜仲反而感激金贊出錢出力免其父含冤受辱，更指他照顧百合實屬應該。
百合日漸康復，杜仲再返瀛台，見到光緒練習拳術強身健體，精神頗佳。光緒已策劃另一套新政，卻又怕被慈禧推倒，杜仲提議可借他人之手執行，光緒覺得此法可行。光緒找載灃議政，載灃認為當日推行新政，是用人不當之故，且操之過急觸怒慈禧，光緒向載灃道出新構思，載灃認為可行。
載灃宴請慈禧和兩位貴妃品嚐由德齡烹調的牛扒，他本想向慈禧說出喜歡德齡的心意，卻被瑜貴妃搶先一步要他趕快迎娶幼蘭，載灃無奈把話收回。世凱特意送來賀禮，他向載灃分析娶了榮祿女兒，能令他事業更上一層樓，載灃被世凱一言驚醒。
伏苓和葛根到蠟廠追查金贊購買的蜂蠟，查出御醫殷福致曾買下一批下價貨。杜仲發現有人貪財，將舊藥丸用下價蜂蠟重新包裝，當作新藥賣給太醫院賺取利潤，期間因為包裝過程出錯令藥丸變壞。
杜仲為幼蘭把脈，認為有難產危險，決定請泰來神父為她剖腹產子。載灃回來知悉幼蘭要開刀生子，大為震驚，此時已傳出嬰孩哭聲，得知幼蘭已誕下小阿哥。載灃責備杜仲找外籍神父接生，更不准他向外透露。
組織要刺殺光緒，伏苓怕杜仲受牽連遂將他打暈，不讓他返瀛台接近光緒。杜仲知道光緒將被刺殺，堅決入宮救他，伏苓思量後決定跟杜仲一起營救光緒。來到光緒寢宮外，伏苓即取出匕首衝入寢宮刺殺光緒，寢宮內原來空無一人。原來杜仲早對伏苓起了疑心，遂趁光緒在養心殿議政時，將計就計帶伏苓到瀛台，果然揭穿伏苓要殺光緒。
杜仲肯定光緒死於砒霜，各人提出殺光緒的可疑人，當中載灃曾被光緒揭穿對君主立憲陽奉陰違，而玉貴則是推珍妃下井的真兇。玉貴所作所為令光緒怒不可遏，到頤和園對他拳打腳踢，弄致頭破血流，幸得慈禧制止。
杜仲用銀針為光緒驗屍，證實光緒死於砒霜中毒，同時發現光緒左手手指潰爛，認定他曾接觸過砒霜，而其右手卻沾有墨跡。
