Alors qu'ils pensaient s'être débarrassés du Giga Samouraï, les Mini Ninjas ont la désagréable surprise de le voir réapparaître ! Contrôlant le monstre, Shoko exige la reddition des Mini-Ninjas, faute de quoi elle rasera tout le village. Mais le Maître a plus d'un tour dans son sac kuji...