Mortensen arbejder på en meget hemmelig opgave for sin chef. Imens undersøger en professor boresmuldet fra tunnelgravningen for at finde et stof der skal gøre ham udødelig. Et par skothandlere vil sælge de gamle boremaskiner til amerikanerne. Under Sprogø bor fire nisser, der glæder sig over at boringerne nu er færdig, så de kan sove. Men så starter boringerne igen...
Nisserne blev vækket da boret satte i gang. Nisserne må kun være vågen 23 døgn endnu i dette århundrede, hvis de skal undgå at blive til støv. Børnene forsøger at gøre deres far i bedre humør, således at de kan få en ordentlig jul. Skrothandlerne får deres egen hjemmeside. Imens forstyrre nisserne boringen.
Nisserne aflytter Mortensen og hans computer. Nisserne saboterer Mortensens edb-udstyr, således at de kan komme til at sove. Imens opdager børnene at Ida er meget ked af det. Samtidig er Ida ikke helt uinteresseret i deres far. Frantz og Sigurd forsøger at købe de gamle boremaskiner af Mortensen. Mortensen fortæller at han ingen boremaskiner har til salg. Børnene ser et mystisk lys under havoverfladen.
Børnene fortæller professor Stjamp omkring lyset under havoverfladen og han slår op i sine gamle bøger. Han finder oplysninger om en skat der lyser ved fuldmåne. Mortensen undersøger hvor langt boremaskine har boret og det viser sig, at den kun har nået 2 meter på 4 dage. Mortensen går ned i tunnelen og får boremaskine i gang igen.
Frans og Sigurd beslutter sig for at udgive som Københavnere, således at de kan købe en tunnel-boremaskine. Imens har børnene travlt med at undersøge fyrtårnets kælder. Der er mange middelalderting i kælderen. Nisserne er samtidig på hemmelig mission, og de når ligeledes frem til kælderen, hvor Mikkel og Katrine i mellemtiden er faldet i søvn.
Nisserne når frem til et tunnelrør, som ikke er der ifølge nissernes kort. Imens opsøger Mortensen Stjamp, for at høre om de har set hans børn. Nisserne er heldige, da de ved en fejl får tunnelen oversvømmet. Mortensen bliver pinlig berørt, da oversvømmelsen sker, mens han er sammen med Ida. Mortensens chef ringer også og brokker sig over at boringen står stille.
Efter at tunnelen er oversvømmet ligger nisserne sig igen til at sove. Mortensen har problemer med computeren, som han forsøger at få til at makke ret. Imens er børnene usikker på, hvad de egentlig så i kælderen og om de kan finde skatten, således at deres far kan slippe fri af sin chef. Frantz og Sigurd forsøger nu igen at købe boremaskinerne til tunnelen, hvor de tilfældigt kommer til at overhøre børnenes snak om skatten. Mortensen får gang i raketboret og nisserne vågner straks. Da bordet hurtigt stopper igen, fejrer nisserne det med øl, inden de igen sover.
Mortensen pumper, for at få vandet væk fra raketbordet. Børnene roder imens rundt inde på deres far kontor, hvor de opdager at computeren kan tale og at han har hemmeligheder for dem. Endnu engang får Mortensen gang i boret og nisserne vågner igen. Chefen kontakter Mortensen, da han er utilfreds med, at boret har stået stille. Nisserne synes situationen er blevet så alvorlig at de søger hjælp hos en agent nisse.
Børnene fortæller faren, at de har set den hemmelige tunnel. Den bliver han ikke glade for, så de beslutter sig for at være rigtig søde overfor ham. Sigurd og Frantz vil prøve at lokke oplysninger ud af børnene omkring skatten. Hvis man nu klæder sig ud som en kvinde, så har børnene nok tillid til en! Nisseagent 00Z ankommer til nissernes bolig.
Nisserne er spændt på, hvad 00Z kan ryste op ad ærmet, således at nisserne kan komme til at sove. Skrothandlerne har klædt sig ud som kvinder og tager af sted fra Jylland. Børnene går til professoren for at låne en af hans bøger. Mortensen vil gerne være mere tjekket og får computeren til at hjælpe sig.
Stjamp tror han er meget tæt på at have fundet Stjampolit og viser det til Mortensen. Skrothandlerne når frem til Sprogøe. De begynder at udspørge børnene, men det er ikke helt let af få oplysninger om skatten, når man ikke helt kan nævne den. Det går slet ikke, og de stikker af, da børnene truer dem med deres far. Imens er Mortensen hos Ida, men afbrydes da boret pludselig stopper igen.
Ida opdager at hun er forelsket i Mortensen, mens professoren overvejer om hun er syg. Mortensen er stadig helt overstadig. Børnene prøver at få professoren med i kælderen, men han har alt for travlt. Pludselig finder han dog ud af, at han skal i kælderen for at lede efter Stjampolit. Nisserne er dog allerede i kælderen, så de må gøre sig usynlige, da de hører menneskerne kommer.
Agent 00Z er kommet til sig selv, men har det forsat ikke godt. Hizze hidser sig op, men beroliges med en slikkepind. Mortensen øver sig i, hvordan han kan vise Ida rundt, men synes ikke forberedelserne går helt godt. Ida kommer med et forslag om, at nisserne måske kan hjælpe hendes far med at finde stjampolit. Mortensen starter skinnefræser til at bore videre og det larmer så meget, at agent 00Z pludselig er klar til at arbejde på sagen.
Mikkel mener at de skal tage en kopi af nøglen til kælderen, således at de kan foresætte deres søgen efter skatten. Imens tager agent 00Z ud på en mission, hvor han benytter eksplosiver og sin fantastiske paraply. Mortensen glæder sig over, at skinnefræseren snart har gjort sit arbejde, men så blander agent 00Z sig og det gå pludselig ikke så godt. Skrothandlerne forlader Jylland for at komme til Sprogøe endnu engang. De er denne gang udklædt som arkæologer.
Agent 00Z ønsker at indlede et forhold til Kizze, da han godt mener at hun kan bruge et par dage på ham, nu han har sørget for, at hun kan komme til at sove. Men så let går det dog ikke. Mortensen arbejder nemlig på at få boret i gang igen – hvilket lykkes. Mikkel og Katrine prøve deres kopi af nøglen til kælderen og det virker. Børnene finder en hemmelig nedgang til nissernes bolig. Arkæologerne opsøger professor Stjamp og vil gerne hjælpe ham.
Nisserne er efterhånden rimelig ophidset, da der nu kun er 8 dage tilbage inden den evige søvn bliver virkelighed for dem. I kælderen fandt børnene et skelet og de fortæller det til professoren. Agent 00Z tager igen af sted til tunnelen, for at finde ud af, hvordan han skal få den stoppet. Boret bliver kortsluttet og snart har Mortensen et opkald fra chefen.
Kizze synes ikke lige fra agent 00Z skal roses , da sidste forsøg på at stoppe boret slog fejl. Børnene starter en ny udforskning af grotterne under kælderen i fyrtårnet. De finder den hemmelige tunnel efter at de har søgt i lang tid. Mortensen beslutter sig i mellemtiden for at kontakte alle hemmelige tunnelchefer rundt omkring i verden for at få hjælp til at løse hans problem. Skrothandlerne fra Jylland opdager at Mortensen søger udenlandsk hjælp og de beslutter sig for at komme ham til hjælp.
Mortensen søger hjælp hos computeren for at få rettet skinnerne ud, men den kan ikke hjælpe. Skrothandlerne har klædt sig ud som japanere og er nu klar til næste træk for at få fat i skatten. Imens er agent 00Z endnu ikke blevet sig selv. Børnene finder ud af, hvordan sabotagen af skinnerne er foretaget og Mortensen går i tunnelen for at løse problemet. Det går dog ikke helt som han havde tænkt – problemet bliver dog løst.
00Z er blevet helt blød og vækker Kizze for at fortælle hende, at han gerne vil være sammen med hende. Kizze på sin side, mener dog, at det vigtigste lige nu er at sove. Agenten ender dog med at vække alle nisserne. Nisserne synes agenten er blevet en slapsvans. Mortensen er forandret – hans stil er blevet en helt anden. Han får pludselig besøg af et par japanske tunneleksperter, som gerne vil hjælpe Mortensen. Mortensen ansætter dem og begynder at fortælle dem om den hemmelige tunnel.
Nisserne kommer på en ide, som kan standse tunnelen igen. ’Japanerne’ er i tunnelen for at overveje at rakettoget bliver testet, mens Mortensen sidder på sit kontor. I grotterne under kælderen ser børnene pludselig nisserne. Børnene og nisserne snakker sammen og børnene får at vide, hvorfor nisserne sabotere tunnelbygningen.
Professoren synes Ida smiler for meget og tænker om hun ikke overdriver. Børnene går til professoren for at høre, hvordan deres dilemma med nisserne og tunnelen kan blive løst, således at alle får en glædelig jul. ’Japanerne’ forsøger at løse de tekniske problemer med toget, således at toget kan kører igen.
Nisserne kan ikke glemme børnene, da de synes det er synd for dem. Mortensen går i tunnelen for at finde ’japanerne’. Mortensen finder snoren, som ’japanerne’ har lagt ud for at kunne finde tilbage. Børnene sender mayday til nisserne og snart begynder de at tale med hinanden. Børnene finder vej til nissebo, således at de kan finde en løsning sammen med nisserne. Imens har skrothandlerne fundet en skat i tunnelen.
Frantz bliver sur, da han finder ud af at skatten er julepynt og ikke en rigtig guldskat. Børnene lægger en duftspor mellem deres far og Idas telt. Tiden begynder at rinde ud for nisserne og 00Z laver risengrød til dem alle. Kizze er helt betaget af 00Z – og vil godt have ham til at fri til hende. Ida opsøger Mortensen og de snakker om ligegyldige ting. Snart kysser de dog hinanden.
Sigurd har tilfældigvis et kort over tunnelen, således at de to skrothandlere kan finde op til jordens overflade. Imens er Mortensen og Ida helt væk i hinanden. Pludselig løser alt sig til det bedste, således at børnene og nisserne kan holde en rigtig jul.