Türkiye’nin gözü kulağı, Türkiye’nin aklından geçen ama kimsenin söyleyemediği her şey, “KIZILELMA”da! Efsane dizilerin yapımcısı Osman Sınav ve Süleyman Çobanoğlu’nun imzasını taşıyan, Türkiye’nin yeni heyecanı “KIZILELMA”; merak ve heyecan dolu ilk bölümüyle, Türkiye’nin istihbarat savaşlarını anlatmaya başlıyor.
Hem Murad, hem Türkiye, daha önce görülmemiş bir saldırının karşısında! Murad Altay, Hasan Kırımlı ve Zeynep Gevher, düştükleri ölüm kapanından çıkmaya çalışır. Teşkilat, bu yeni tehlikenin şifrelerini çözmeye uğraşırken, İstanbul'da ardı ardına saldırılar ve terörist eylemler başlar. Zeynep'in sahip olduğu bilgi ise bunların daha başlangıç olduğu ve hedefin çok daha büyük olduğu doğrultusundadır. Murad ve Hasan'ın yapılacak bu eylemi önlemek için çok az vakti kalmıştır. Ve şimdi Teşkilat, bir kez daha zamana karşı yarışacak, büyük sınavlarından birini daha verecektir.
türkiye'de nefret operasyonları yaparak halkı germek ve güvensizlik oluşturmak için harekete geçen velid ve onun bağlı olduğu uluslararası odaklar, eşzamanlı olarak düzenlenen suikast ve polis servisine yaptıkları saldırının ardından okul bombalama eylemiyle bu hedefine ulaşmayı amaçlamıştır. murad ve hasan'ın zamanında müdahalesiyle okul bombalama eylemi büyük kayıplar verilmeden atlatılır. eylemin tek kaybı olan küçük kız çocuğu murad'ın kollarında can verdiğinde, bu eylem velid ve uzi için sonun başlangıcı olur. murad artık pimi çekilmiş bir bombadır ve hiçbir engel, bu adamları yakalamak için onu durdurmaya yetmeyecektir. diğer taraftan, meryem hanım ve teşkilat, saldırıların kaynağına ulaşmak için yeni planı devreye sokar. bu plan herkes için sürpriz olacaktır. zeynep ise ülkesine dönmek için hazırlıklar yaparken büyük bir tehlikeyle karşı karşıya kalır. murad, hem velidlere ulaşmak, hem de zeynep'i kurtarmak için son kozunu oynar.
Meryem'in hamlesiyle Zeynep'e ulaşan Murad, onu sağ kurtarmak için son kozunu oynar. Diğer taraftan Velid ve Uzi, attıkları her adımda karşılarında Türk istihbaratını bulur ve bu durum onların bütün planlarını suya düşürür; ancak devreye uluslararası bir gücün girmesiyle Kızılelma yeni bölümde Milli İstihbarat Teşkilatı'na büyük bir tuzak kurulur. Bu tuzakta, Irak'taki iç savaşı körükleyecek uluslararası bir cinayette oklar, teşkilatı göstermektedir. Teşkilatın İstanbul biriminde bu tuzağın şifrelerini çözmek için ekip geceli gündüzlü çalışırken, Zeynep'in sürpriz tanıklığı Meryem'i önemli bir karar almaya zorlar. Bu kararda Murad'ın gözü karalığı, zekası ve sorunları çözmekteki pratikliği etkili olur. Şimdi Murad, Hasan ve Zeynep'i çok önemli ve tehlikeli bir görev beklemektedir.
istihbarat teşkilatına kurulan tuzağı bertaraf etmek için harekete geçen murad hasan ve zeynep öldürüldüğü söylenen el maruf'u sağ olarak beyrut'tan alıp türkiye'ye gelirken yolda büyük bir tehlikeyle karşı karşıya kalırlar. zaman hızla ilerlerken hasan, velid'in rehin aldığı çocuklarını kurtarmak için ne yapacağını düşünmeye çalışır, köşeye sıkışmıştır. ama hiç beklemedikleri bir müdahale olur ve yolda onları bekleyen diğer tehlikeye karşı amansız bir takip başlar. diğer taraftan teşkilatın istanbul birimi, mcnamara'nın türkiye'deki diğer faaliyetlerini araştırmak için teknik takip başlatır. bu takiple mcnamara ve temsil ettiği uluslararası gücün, türkiye üzerinde çok tehlikeli bir hedefe doğru ilerlediği ortaya çıkar.
murad hayatının dönüm noktası olacak kararı, tereddüt etmeden verir; meryem'in bütün itirazına rağmen, şeker'in canına karşılık kendi canını ortaya koyar. milli istihbarat'ın hiç anlatılmayan hikayesi "kızilelma"da, heyecan hız kesmiyor. velidlerin, murad'ın evine yaptığı baskında vurulan şeker, velid'in son hamlesiyle onların eline geçer. şeker'in murad için önemini anlayan velid; şeker'i murad'a karşı koz olarak kullanmaya karar verir. murad hayatının dönüm noktası olacak kararı, tereddüt etmeden verir. meryem'in bütün itirazına rağmen, şeker'in canına karşılık kendi canını ortaya koyar. bu, birimde büyük huzursuzluk yaratsa da murad'ın kararından dönmeye niyeti yoktur. şimdi murad için zamana karşı yarış başlamıştır.
murad altay, şeker'i kurtarmak için velid'le son pazarlığını yapar, ama velid çok kararlıdır. diğer taraftan, mcnamara'nın planladığı kıyamet gününün asıl hedefinin ne olduğunu anlayan murad, geri dönülmez bir yola girer. meryem ise, murad için hayati bir kararın altına imza atar. bu karar, birimde büyük huzursuzluk yaratır. zeynep ve hasan'ın ısrarlarına rağmen meryem, kararından dönmez. diğer taraftan mcnamara'nın planladığı kıyamet gününün asıl hedefinin ne olduğunu anlayan murad geri dönülmez bir yola girer.
uluslararası terör odağının türkiye'deki temsilcilerinin asıl hedefinin başbakan olduğunu iddia eden murad, müsteşar yardımcısı cahit atakan'a bu olayın çözülmesinde verilecek her göreve hazır olduğunu söyler. istanbul'daki birimin bilgisi dışında olan bu gizli görevde murad, tek başınadır. çıktığı bu zorlu yolda yapılacak tek şey mcnamara'nın yanında yer almaktır. ama murad'ın, mcnamara'yı ikna etmek için seçtiği yöntem onu büyük bir seçim yapmaya zorlar. diğer taraftan türkiye'ye gelen gizemli bir yabancı yeni bir tehlikenin sinyallerini verir. bu yabancı; özel eğitilmiş, kıyıcı ve acımasız bir teröristtir.
Murad ve Zeynep, Kızıl Elma yeni bölüm başbakana yapılacak suikastı engellemek için zamana karşı yarışırken; Elsa hedefine kitlenmiş, parmağını tetiğe basmak üzeredir. Murad, bu oyunu çözmek için çok hızlı bir plan yaparak kendi canını tehlikeye atar. Diğer taraftan Kızıl Elma 9. bölümde McNamara, Türkiye'den kaçmak için son hazırlıklarını yapar ve havaalanına gitmek üzere yola çıkar ama yolda onu bekleyen bir sürpriz vardır. Bu sürpriz, McNamara'nın bütün planını altüst eder...
T.C. mogadişu büyükelçiliği'ni korumak üzere yola çıkan, murad altay'ın başında olduğu altı kişilik özel ekip cehennemin ortasında kalıyor! istanbul biriminden, murad altay'ın başında olduğu altı kişilik özel bir ekip, somali'deki t.c. mogadişu büyükelçiliği'ni korumak üzere yola çıkarlar. karşılarında türkiye cumhuriyeti'ni somali'den çıkarmaya kararlı, acımasız, büyük ve güçlü bir terörist grup vardır. cehennemin ortasında kalan murad altay ve arkadaşları için şimdi yapılacak tek şey, somali'deki bir avuç vatan toprağını ve dalgalanan türk bayrağını canları pahasına savunmaktır. diğer taraftan, i̇stanbul biriminde gergin bekleyiş devam ederken; meryem kadıoğlu'na yusuf emre'den gelen bir mektup, meryem'in kafasındaki murad'la ilgili bütün soruların cevabı olur.
Somali’de T.C. Mogadişu Büyükelçiliği’ni canları pahasına koruyan Murad Altay ve arkadaşları, görevlerini başarıyla tamamlayarak İstanbul’a dönerler. Ancak durup dinlemek için hiç vakit yoktur; çünkü Türkiye’yi bekleyen tehlike çok büyüktür ve bunun şifrelerini çözmek için şimdi ellerinde bir fırsat vardır. Somali’deki çatışmada ele geçirilen Azzam, sorgulanmak üzere birime getirilmiştir. Konuşmamak için direnen Azzam’ı kendi yöntemleriyle konuşturmayı başaran Murad Altay, Türkiye’nin yeni bir terörist yapıyla karşı karşıya olduğunu öğrenir. Bu yapının hedefinde, parçalanmış ve güçsüz bir Türkiye vardır.