Lors d'une promenade, Lucie découvre une rivière riche en algues. La petite luciole essaie de repérer les indices dévoilant un dérèglement dans le cycle de la rivière. En reliant ces constatations aux conclusions des expériences qu'elle mène avec ses amis scientifiques, Lucie trouve les réponses à ses interrogations : Comment savoir qu'une rivière est polluée ? Qu'est-ce que la matière organique ? La pollution menace-t-elle les animaux ?