Alle får seg et sjokk første skoledag! Anneli mister nesten jobben første arbeidsdag og Jørgen holder på å bli dyttet i døden. Dag er rektor på Aker skole. Skolen ligger aller nederst på lista over de beste skolene. Anneli begynner i sin første jobb som lærer, men stillingen hennes trues av dårlig skoleøkonomi. Cecilia er sosiallærer. Hun tror hun har funnet drømmehuset sammen med mannen Gaute. Bjarte er timelærer i musikk, og bor i sokkeletasjen hos rektor sammen med datteren hans. De venter barn, og Bjarte kan ikke dra til Berlin med bandet han spiller i for å prøve lykken. Sammen med blant annet klasse 10 A braker de sammen på Aker skole denne første skoledagen etter ferien.
I denne andre episoden av "Skolen" fortsetter problemene. Anneli klarer ikke engang å få til et skikkelig klassebilde i 10A. Men Bjarte får fornyet tillit. Rektor, som også er Bjartes svigerfar, foreslår at bandbussen Bjarte har ”arvet” etter bandet, kan brukes til et prosjekt for de vanskeligste elevene. Skolen har fått litt ekstra penger, så Bjarte får full stilling og ansvaret for bussprosjektet. Cecilia er skeptisk til Bjartes lederevner.
Anneli vil gjerne bli likt som lærer i klassen sin og bestemmer seg for at en klassefest der alle kan bli godt kjent, er lurt å arrangere. Men at hun velger å ha festen hjemme hos seg, viser seg å være en dårlig idé.
Cecilia oppdager ved en tilfeldighet at gamle elever driver og pusher hasj på tiendeklassingene. Hun setter i gang søk med narkohund og finner Halvors skap fullt av dop
Aker skole sliter med at flere foreldre velger å flytte sine barn over til andre skoler som ligger bedre an på rankingen. Og når elevene bytter skole, taper Aker penger, så nå er gode råd dyre. For å spe på økonomien har skolen kontroversielt nok tillatt reklameboards på skolefasaden. Dette faller naturlig nok ikke i god jord hos alle. Lykken smiler til Anneli og Lasse Anneli og Lasse er fortsatt kjærester, men Ingrid vet enda ikke noe. Det er vanskelig, spesielt for Anneli som sliter med skyldfølelse. Mens forelskelsen blomstrer for Anneli, går det ikke like greit med forholdet mellom Cecilia og Gaute. Cecilie sliter med spiseforstyrrelser, og ektemannen vet ingenting.
I den åttende episoden av "Skolen" møter vi en fortvilet Cecilia. Hun er livredd for at Gaute skal gå fra henne. Da hjelper det heller ikke at også flere problemer tårner seg opp på "Aker skole". Hva skal rektor gjøre når han finner ut av vaktmester Terjes store hemmelighet? For det er flere som er redde på Aker skole for tida. Bjarte er redd for at noen skal oppdage det gryende forholdet mellom ham og eleven Thea. Han havner i det han tror er en konfrontasjon med rektor.. Det rektor derimot har oppdaget, er at vaktmester Terje filmer jenter mens de er i dusjen! Nå står han overfor et vanskelig dilemma - hvordan skal han få ordnet opp i dette?
Rektor Dag er på BI-kurs for å lære om branding og det å markedsføre sin egne skole. Han blir svært inspirert av kurset og kommer tilbake med forslag om at Aker skole trenger et slagord som han har klart allerede. I tillegg antyder han at alle lærerne bør oppjustere karakterene et lite hakk for å holde tritt med de andre skolene. Akkurat det blir ikke særlig godt mottatt, og de andre lærerne mener at det er ren juks. Men rektor avslører at alle de andre skolene gjør det, så hvorfor ikke Aker også! Anneli og Lasse har endelig bestemt seg for at de skal avsløre forholdet sitt for Ingrid. Ingrid er svært nervøs for å møte farens nye kjæreste, og det blir som ventet en stor overraskelse for henne at det er klasseforstanderen som er farens nye venninne. Cecilia skal holde bursdagsselskap med naboene, men det blir dessverre ikke som planlagt.
Kristian har lenge har sovet i bussen, noe Bjarte oppdager når gutten blir skadet på skolen. Dermed er det flere ting som blir brakt på bane. Hvorfor sover han egentlig i bussen og hvordan står det til hjemme? Det er heller ikke god stemning i 10A om dagen. Klassen er svært misfornøyd med mattelærer Edgar. Det er også flere enkeltelever som sliter. Ingrid vil bytte klasse etter at hun fikk vite at læreren hennes Anneli og faren har hatt et forhold bak ryggen hennes. Heller ikke hjemme hos Cecilia er alt som det skal være. Gaute har mistet jobben i Dagsavisen, og har ikke fortalt noe til sin kone.
Rektor Dag er i hardt vær i kveldens episode fra Aker skole. Han har som vanlig problemer med å ta opp vanskelige saker med sine ansatte, og i tillegg roter han med tallene. Verken elevene i 10A eller foreldrene er særlig fornøyd med den nye mattelæreren Edgar. De gjør dermed alt for å bli kvitt han. Dermed havner saken til slutt hos rektor, som på en tafatt måte forsøker å ta opp problemstillingen med Edgar. Som om ikke det var nok for rektor, oppdager Cecilia at han har rotet med budsjettet og tallene i regnskapet. Det viser seg at Aker skole har 800.000 kroner i overskudd. Bjarte er heller ikke særlig fornøyd med tilværelsen. Aksel, som jobber på bussen, er blitt kjæreste med Thea. Det liker ikke Bjarte som helst vil sparke ham. Men Aksel gjennomskuer Bjarte og hans planer, og presser ham.
Både lærere og elever forbereder juleavslutningen på Aker skole. Bussbandet øver for å opptre, og de andre bidrar med sitt. Midt i forberedelsene blir Edgar funnet død i garderoben ved gymsalen, og alle føler seg skyldig. Det blir dermed en amputert juleavslutning for alle. Thea oppsøker Bjarte og rektor for å få trøst for skyldfølelsene hun sliter med. Thea og Bjarte blir sittende igjen sammen, og det ender med at Thea overnatter hos Bjarte som er alene hjemme. Anneli som er god og full, gjør et mislykket forsøk på å gjenoppta kontakten med Ingrid og Lasse.
Ylva er blitt gravid og vil gjerne beholde barnet. Det er ikke sosiallærer Cecilia begeistret for, og hun anbefaler abort. Også Anneli har bekymringer. Hun har fått klamydia. Bjarte hører rykter på skolen om at en av elevene er gravid og er urolig for at det kan være Thea. Men hun roer ham ned og forteller at hun ikke venter barn, og at hun fortsatt er forelsket i ham. Samtidig lurer Helle på hvorfor Bjarte er blitt så oppmerksom den siste tiden, og det har hun all grunn til. Kim som Anneli deler leilighet med, tror det er Lasse som har smittet henne med klamydia, men Anneli er ikke helt sikker…
Gaute har mistet jobben, Helle skjønner at Bjarte har vært utro, Rakel dropper ADHD-medisinen og Kim er sjalu på Lasse. Det er mange problemer å ta tak i for lærere og elever ved Aker skole i kveldens episode. Gaute har mistet jobben, og er i ulage. Han kommer ikke hjem om kvelden, og Cecilia blir redd for hva han kan ha funnet på. Anneli forteller Lasse at han har smittet henne med klamydia. Lasse sjarmerer henne med en uforbeholden unnskyldning og kjærlighetserklæring. Samboeren Kim er sjalu og frustrert, og skjønner ikke at Anneli kan godta dette uten videre. Rakel tar ikke ADHD-medisinen sin. Hun har istedet gitt den til Kristian for at han skal lære henne å kjøre moped. Helle vet at Bjarte har vært utro. Hun dukker opp på lærerværelset og forkynner for alle at Bjarte ligger med en av kollegaene deres. Bjarte og Helle har en scene i skolegården med Thea som taus tilskuer.
Anneli får to nye elever. De er jødiske og har blitt mobbet bort fra flere skoler, og bakgrunnen deres blir raskt kjent på Aker skole. De to nye elevene blir stadig truet av sine medelever. Det hele topper seg når en Davidsstjerne blir malt i skolegården når muslimenes store høytid, id, feires på skolen. Det betyr at Anneli får en trøblete sak å forholde seg til på jobben. Heller ikke på privatfronten er alt fryd og gammen. Kjæresten hennes Lasse havner i slåsskamp med kameraten hennes Kum under en fest i kollektivet. Likevel vurderer Anneli om hun skal flytte sammen med Lasse. Cecilia stiller til debatt hos Knut Olsen i NRK i det hun tror er en diskusjon om mobbing. Men det utvikler seg til å bli en helt annen og uventet debatt.
Cecilia vet at noe foregår mellom Bjarte og Thea. Samtidig har Helle flyttet ned til Bjarte igjen. Hun har bestemt seg for å gi ham en ny sjanse, og det er bare dager igjen til fødselen. Cecilia får mer å tenke på i kveldens episode. En japansk delegasjon er på besøk for å studere norsk skole. De ønsker også å oppleve en norsk småbarnsfamilie på nært hold, og Cecilia må motvillig ta dem med hjem. I tillegg får hun og Gaute igjen nye utgifter på huset, som etter en del problemer kanskje ikke er drømmeboligen likevel. En eldre elev dukker opp med et filmteam på slep for å lage film om den dårlige undervisningen han fikk på Aker skole. Og - Anneli gjør seg klar til å flytte inn hos Lasse og Ingrid.
Dramaserien "Skolen" går mot slutten, og det er mange brikker som skal falle på plass for de involverte. Både Anneli, Bjarte, Cecilia og rektor har hatt sine problemer underveis, og fortsatt er de ikke helt løst. Aker skole er den av Oslo-skolene som har gjort størst fremgang i snittkarakterene siste år. Fra bunn i fjor til over midten i år. Men når lærerne sammenligner karakterene de har gitt, skjønner de at det er noe som ikke stemmer. Likevel smiler bare rektor. Han får ros av skoledirektøren, og fratrer deretter sin stilling.
Hva synes Cecilia egentlig om Bjarte, og Anneli om Cecilia? Hva mener rektor om sin egen og andres innsats? Hvorfor gikk det egentlig som det gikk? I siste episode av Skolen oppsummerer Anneli, Cecilia, Bjarte og rektor det de har opplevd gjennom skoleåret. Både elever og lærere får komme til orde.
