Бандитская группировка, возглавляемая чеченским боевиком Вагифом, при помощи российского военнослужащего покупает партию ПЗРК «Стрела-2М» для уничтожения штурмовиков «Су-24» (так в фильме. Реальный Су-24 - фронтовой бомбардировщик) . Отряд спецназа получает приказ нейтрализовать канал снабжения и захватить террористов.
Отряд спецназа получил приказ обезвредить особо жестокую бандитскую группировку под предводительством бывшего лейтенанта САС Шарафа. Изучив его стратегию по афганской войне, командование принимает решение устроить засаду: взорвать мост и продемонстрировать ложную дислокацию отряда на место, где ранее была разбита колонна спецназа.
В Санкт-Петербурге обнаружена большая партия фальшивых долларов. Операция по захвату продавца фальшивок потерпела провал. Однако был найден след, который указывал на чеченскую группировку. Спецназовцы получают задание найти подпольную лабораторию, где печатается валюта, и уничтожить матрицу.
Группа террористов захватывает самолет Ту-154 и угоняет его в Афганистан, на недавно захваченный аэродром, дабы затем «отпустить» заложников, а на самом деле загрузить в него отряд своих бойцов, после чего самолет «по техническим причинам» сядет в Душанбе, где проходит конференция представителей США и России по борьбе с терроризмом, и рота боевиков сможет наглядно показать ее неэффективность. Однако одним из пассажиров случайно оказался «Хруст»(прапорщик Хрусталев), а затем остальная группа, обогнав захваченный самолет на Ту-160, зачищает аэродром посадки и ликвидирует террористов в самолёте, затем прикрывая взлетающий пассажирский самолёт от атаки той самой роты боевиков.
В партии наркотиков, захваченной в Санкт-Петербурге, найден разработанный афганскими террористами вирус «Дыхание пророка». Пока он распространяется только через кровь, но идут усиленные работы по разработке штамма, передающегося воздушно-капельным путем. Группа Платова с вирусологом Фархадовым направляется в Афганистан, дабы захватить документацию по вирусу и образцы вакцины, после чего лабораторию уничтожит авиация. Ситуацию осложнит ранение Хруста, проводник-смертник, заражение вирусом Якута, спасти которого поможет знание Фархадовым Корана наизусть.
На российском блокпосту в Чечне, подвергшемуся нападению боевиков, группа обнаруживает раненого священника, которым оказывается бывший сослуживец Хруста Александр Орлов («Бекас»). Оказывается, несколько лет назад бандиты (террористы- грабители, уходившие от милиции) захватили школу. При штурме с участием Орлова погибла одна из учениц — его дочь, а его жена, не вынеся этого, совершила самоубийство. «Бекас», потерявший все, ушёл в монахи. Через некоторое время его отправили на восстановление православного храма в Косово. Вскоре в монастырь прибыл отряд албанских боевиков «Армии освобождения Косова», которые перебили священников и подоспевший патруль французских миротворцев. Глава боевиков пообещал убить оставшегося в живых послушника и сербских женщин и детей, собравшихся в храме, однако послушник уничтожил боевиков.
Группе Платова поручено обеспечить прибытие в Душанбе афганского генерала Борзани для проведения переговоров. Но слишком многим не хочется, чтобы переговоры состоялись, и за Борзани охотится снайперская группа, экипированная винтовками Barrett M82
