東京に人を全く寄せ付けない秘境「ロストワールド」がある。そこは、周囲から隔絶された環境で、まるでタイムカプセルのように貴重な命が守られている。第２集の舞台は、東京都心から南へ６５０㎞の伊豆諸島最南端。大海原にそびえる巨大な岩の柱だ。高さ１００ｍの断崖絶壁、東京都・孀婦岩（ソウフガン）。まるで海面から空に向けて包丁を付き立てたような形をしている。いったいどうやってこんな不思議な岩が生まれたのか？そして、どんな生きものがすんでいるのか？これまで詳しい調査が一度もされたことがない「空白地帯」のため、知見はほとんどない。番組は２年間かけ、科学者やエンジニアらと共に初の科学調査に挑んだ。垂直の崖をロープ一つで登ると、正体の知れない生きものが岩の隙間から次々と現れる。周囲の海からは、まか不思議な深海魚が次々とあがる。科学者は幻の古代魚、シーラカンスさえ見つかるかも知れない環境だと興奮する。空前絶後のスケールで数々の深海探査機を投入。そしてついに見つけた、巨大魚の正体とは？