Při opravě hradní kaple z počátku 13. Století patřící (v seriálu) k hradu Vrchnov se nad bývalou šlechtickou lóží objeví tajemný přízrak bílé ruky. Podle staré pověsti jde o varování věštící blízkou smrt. Ještě téhož dne umírá jeden z restaurátorů a krátce po něm za velmi podivných okolností další. Je to pouze náhoda, nebo se projevila smrtící kletba, která podle letité legendy střeží obrovské bohatství ukryté v dokonale utajené skrýši kdesi v podzemí kaple? Děj se odehrává ohledně působení templářů na našem území.
V Národním muzeu v Praze je poprvé vystavena unikátní mexická sbírka Františka Kasky, významného českého vědce, který byl osobním lékárníkem habsburského arcivévody Maxmiliána v době, kdy se stal mexickým císařem. Dva exponáty – aztécká maska a obsidiánový disk jsou krátce po zahájení výstavy odcizeny a na místě zločinu zůstává podivným způsobem zavražděn hlídač a jeden ze zlodějů.
Strážce duší přivádí diváky do tajemných zákoutí Prahy. Odkazuje na renesanční atmosféru, která přála okultním vědám a alchymii. Magické schopnosti magistra Edward Kelley a spojení s jinými světy jsou dnes vnímány spíš jako atrakce, kterou zmiňují průvodci turistů při vycházkách Prahou. Jenže co když působení alchymistů v rudolfínské Praze vedlo ke skutečným objevům. Naši hrdinové se ocitají v situacích, které zprvu nemají vysvětlení bez důvěry ve schopnosti dané jen některým vybraným jedincům. Praktická ukázka hypnózy v medickém klubu ve Faustově domě se poněkud vymkne z rukou – zdá se, že ústy hypnotizované dívky začne promlouvat někdo jiný neznámým jazykem. Jak se Armín postupně dostává hlouběji do nitra a historie Faustova domu, množí se v okolí nejasná úmrtí. Najde se někdo, kdo rozumí záhadnému jazyku? Zabíjí, nebo uzdravuje objev alchymistů rudolfínské Prahy?
V jeskyni se najdou kosterní pozůstatky tří lidí z pátého století. Na dvou lebkách jsou patrná zranění, která neodpovídají tehdejším zbraním. Další nálezy, které k tomu nepochybně patří, dokazují provádění obřadů, při nichž nechyběly ani lidské oběti.
Nad zasněženými Jeseníky se opakovaně objevuje tajemné světlo. Armádní radary nedokáží identifikovat, co se v záři skrývá. Je napadena mladá žena a na jejím těle se objevuje podivná skvrna. Vypadá to, že ji něco spojuje s osudem ženy, která byla v období krutých procesů na konci 17. století odsouzena za čarodějnictví. Armín s Nelserovou nacházejí shodné momenty v pradávné čarodějnické legendě a v záhadných jevech současnosti. Zimní krajina Jeseníků rámuje kriminální vyšetřování, které si nechce připustit podivné souvislosti nejen se vzdálenou minulostí, ale ani s něčím nepozemským…
V malé horské vesničce je uctíván zázračný obraz Matky Boží. V době třicetileté války byl pod ním nalezen nádherný mešní kalich. Sama Madona ho prý věnovala zcela vyloupenému kostelu, aby farář mohl dál sloužit mše. Stará pověst se nečekaně stává realitou. Madona na obraze ožívá, v kostele se objevují tajemné úkazy a vzácný zlatý kalich mizí z dobře zabezpečeného sejfu.
V Moravském Krumlově se při demolici starého sklepení nalezne 200 let stará truhlice a v ní kosterní pozůstatky mladé andské indiánky. Další průzkum vede k domněnce, že by to mohla být poslední incká princezna. Ale kde se vzala na Moravě na sklonku 18. století?
Série vražd vede ke stopám po údajném posledním doloženém upírovi v Čechách z počátku 19. století. V blízkosti hřbitova, na němž byl pohřben, je v rychlém sledu záhadně zabito několik lidí. Kdosi jim vysál krev. Probudil se děsivý přízrak znovu k životu? Stává se městečko zajatcem nevyzpytatelných sil zla? Armín postupně vyvozuje, že by mohl existovat stále platný způsob, jak se stát upírem a zajistit si tak nesmrtelnost.
Katka Nelserová se díky Strážci duší setká s velmi podivným mužem, který je zjevně v nouzi. Nelze však zjistit jeho totožnost, protože u sebe nemá žádné doklady a je dokonce zcela bez oděvu. Jediné vodítko je 150 let stará zubní protéza. Armín s Nelserovou ke svému překvapení zjistí, že po muži u nás dokonce pátrají britské tajné služby. Není divu, jak postupně zjišťují, neboť záhadný muž se svého času seznámil se staroegyptskými texty z Údolí králů, mezi nimiž byly údajně i návody, jak cestovat časem. Londýnští agenti přijíždějí do nemocnice, chtějí se setkat s nalezencem, ten však před nimi z nemocničního pokoje vyděšeně uprchne. Armín podle portrétu z roku 1849 a dokumentu o londýnském hřbitovu Brompton v muži identifikuje viktoriánského vědce Samuela Warnera, který ve své době záhadně zmizel.
Je známo, že krypta pod poutním chrámem ve Křtinách vydala nález dvanácti malovaných lebek. Když se o to, čí lebky to jsou, začne zajímat Armín, ozve se mu restituentka nedalekých nemovitostí, která se na základě starých rodinných listin domnívá, že mohlo jít o její předky. Mezitím jí svou společnost vnutí jiný rodák z kraje – Hirsch, který má údajně chybějící část jejích listin. Smysl textu však ani po kompletaci není jasný. Dvojice k němu proniká jen poznenáhlu, klíčové je pochopení, že text souvisí s lebkami.
Příběh navazuje na pověsti o mumiích fextů, tedy dlouhověkých a nezranitelných lidí, z kostelů ve východních Čechách. Místní gangsteři zpackají výstražný výstřel na dceru podnikatele, kterého chtějí vydírat. Vyjde najevo, že se scházela na podivném místě s neznámým mužem. K pátrání přizve policejní rada Hartl i Armína s Nelserovou a pak už je každému jasné, že půjde o událost hodně nevšední. Zvláštní talisman na krku oběti napovídá, že fakta, která se postupně skládají, mají vazby do daleké minulosti. Kdosi se začíná neohroženě mstít. Armín případ hypoteticky vyřeší, ale divák uvidí pravdu celou.
Vojtěch z Pernštejna byl v první polovině 16. století nejvyšším hofmistrem, tedy soudcem Českého království a jednu dobu se o něm uvažovalo jako o kandidátu na český trůn. Odsoudil sériovou vražedkyni Kateřinu Bechyňovou. Žena purkrabího na Karlštejně utýrala a zabila v 1. polovině 16. století nejméně 14 lidí. Svého soudce Bechyňová proklela a on také zemřel za záhadných okolností dva dny po její smrti. Na záhadné okolnosti ukazují především neobvyklá rychlost a utajení pohřbu. Proč to? Obsahuje hrobka vysvětlení? Počátkem 20. století se ji při opravách kostela pokusili vykrást dva dělníci, ovšem zemřeli a další průzkumy hrobky byly vždy zamítnuty. Až konečně v naší době dostane povolení otevřít hrobku archeolog Solař. Jenže hrobka má nejen zabijáckou pověst, ale i – jak se zdá – tuto pověst nadále naplňuje.
Hrad Houska je až do dnešních dní obestřen celou řadou pověstí. Nejenže se na jeho území a v jeho blízkosti objevuje tajemná postava v černé kápi, která hlídá nedotknutelnost hradu, ale jsou tu i jiné záhady, o nichž dodnes přemítají i seriózní badatelé. Traduje se, že na Housce je vchod do pekel a že pod hradní kaplí je jakási brána, kterou lze přejít do jiné dimeze. Romantický výklad dějin hradu musel být silně přitažlivý pro Karla Hynka Máchu, který krajinu v jeho okolí důvěrně znal.
