上条当麻とインデックスがアカデミーシティの宇宙エレベーター、エンディミオンを遠くで見た日、彼らは素晴らしい歌声でレベル0の女の子、メイゴアリサに会います。 3人が放課後一緒に時間を楽しんでいると、魔法使いのステイル・マグヌスが突然彼らを攻撃します。 彼のターゲット：アリサ。 科学側の女の子が魔法側の誰かに狙われるのはなぜだろう、とうまは不思議に思う。 スティルの攻撃の混乱の中で、彼はトーマ、インデックス、アリサに、彼女が魔法の側と科学の側の間で戦争を引き起こすかもしれないと言います。
학원도시제 우주 엘리베이터 '엔듀미온'의 완성을 눈앞에 둔 어느 날, 카미조 토우마와 인덱스는 무능력자인 소녀 아리사를 만나 친하게 지낸다. 아름다운 목소리를 지닌 그녀는 데뷔를 꿈꾸며 길거리 라이브를 하며 지낸다. 그녀는 자신의 노래가 엔듀미온 개통 캠페인 이미지 송으로 채택된 것을 알게 된다. 하지만 기쁨도 잠시 마술 사이드에서 그녀를 노린다. 그녀의 존재는 마술 사이드와 과학 사이드간의 전쟁의 발단이 된다. 파국으로 치닫는 가운데 토우마와 인덱스가 아리사를 지키기 위해 나서는데...
在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女鸣护艾丽莎相遇了。 茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。 上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。” 在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！
On the day Touma Kamijou and Index see Academy City's space elevator, Endymion in the distance, they meet a Level 0 girl with an amazing singing voice, Arisa Meigo. As the three enjoy their time together after school, magic-user Stiyl Magnus suddenly attacks them. His target: Arisa. Why would a girl from the science side be targeted by someone from the magic side, Touma wonders. In the chaos of Stiyl's attack, he tells Touma, Index and Arisa that she might cause a war between the magic side and the science side.
Touma e Index incontrano una cantante di nome Arisa i cui poteri sono legati a un ascensore spaziale quasi completo e a un misterioso incidente accaduto tre anni prima.
Toma i Index spotykają piosenkarkę o imieniu Arisa, której moce są powiązane z niemal gotową kosmiczną windą i tajemniczym wypadkiem sprzed trzech lat.
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