科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネームシェリー】は、神秘的な毒薬APTX（アポトキシン）4869を開発する。それは、工藤新一を幼児化させた薬だった！
しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り、身を隠しているのだが……。
少しずつ、だが確実に、黒ずくめの組織が、彼女に影を落とす。組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし、命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』
バスジャックに遭遇した車内で、組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した『謎めいた乗客』
クライマックスは、豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急』
ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが……。
Conan, les Detective Boys, Ran, Kogorô, le professeur Agasa et Ai embarquent dans le train du mystère, train à bord duquel va se dérouler un jeu d’enquête mettant à contribution les passagers. En parallèle, Ai se retrouve ciblée par l’Organisation des hommes en noir…
[It's recommened to watch this before watching movie 26]
Conan, the Detective Boys, Ran, Kogoro, Professor Agasa, and Ai board the "Mystery Train," a train where a investigation game involving passengers will take place. Meanwhile, Ai becomes a target of the Black Organization...
[Si consiglia di guardare questo riassunto prima di vedere il film 26: il sottomarino di ferro nero]
Conan, i Detective Boys, Ran, Kogoro, il professor Agasa e Ai salgono a bordo del "Mistery Train", un treno su cui si svolgerà un gioco di investigazione coinvolgendo i passeggeri. Nel frattempo, Ai diventa un bersaglio dell'Organizzazione degli Uomini in Nero...
La película se centra en el pasado de Ai Haibara, una mujer con diferentes identidades. Este spin-off contiene material de diferentes episodios de la serie anime, como The Jet-Black Mystery Train, y algunas escenas nuevas.
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