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人知を超えた力を持ち、忍界大戦の折には、各国、隠れ里が競ってそれを軍事利用しようと躍起になった尾獣——そのひとつ『三尾』を狙う大蛇丸が動き出した。 ナルトが自来也のもと、風遁螺旋手裏剣にかわる新たな術、忍ガマとのコラボ忍術の修業に励む中、大蛇丸のアジト発見の報せを受けた木ノ葉隠れの里では、綱手の命令により結成された、カカシ、キバ、シノ、ヒナタの小隊がアジト探索へと乗り出す。 一方、大蛇丸のアジトでは、サスケの才能を目の当たりにし嫉妬心をあらわにする晶遁使い（しょうとんつかい）のくノ一・紅蓮（グレン）が、大蛇丸よりある計画を持ちかけられていた。その鍵となるのはカブトとともに三尾召還実験を行う少年・幽鬼丸（ユウキマル）である。幽鬼丸は特殊な能力を持ち、自分には帰れる場所がないと思い込んでいる変わった少年だ。 その幽鬼丸とナルトが偶然に出会い心を通わせたのも束の間、幽鬼丸は新たな三尾召還実験のため、大蛇丸の命を受けた紅蓮とともに旅立つことになる。 やがて仲間たちと合流する紅蓮。そこに敵を追跡中だったカカシたちが現れ、両者はついに戦いに突入。だが、初めて戦う相手と術にカカシたちは思いがけず苦戦することになるのである。 そして同じ頃、すべての尾獣狩りを目論む暁も三尾の情報を得て、その捕獲のため不穏な動きを見せ始めていた。 ここに忍界大戦以来の一大事、尾獣を巡る、大蛇丸、暁、そして木ノ葉の争いが始まろうとしていた。