西暦2205年。歴史改変を目論む「歴史修正主義者」が過去への攻撃を開始した。対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者」なる者を過去へと派遣する。物の心を励起する審神者の力によって生み出された、刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。
西暦 2205 年、悪の勢力が過去を攻撃し、歴史の流れを変える恐れがあります。裁判官は神官の加護を受けた刃を持つ4人の剣士に、過去を守り未来を救うよう呼びかける。かつての主である魔王・織田信長に忠実な彼らは、彼が殺害された本能寺へ戻ります。彼らは悪の進行を阻止し、過去を保存することができるでしょうか?時間だけが教えてくれます。