地球連合軍のオーブ侵攻に巻き込まれ、戦火を逃れる最中に眼前で両親と妹を失ったシン・アスカ。悲しみにくれながら失意のうちにオーブを去った彼は、プラントへと渡る。そして、C.E.73 彼はザフトの戦士になっていた…。
「厄祭戦」から300年。火星圏の都市クリュセの独立を目指す少女・クーデリアは民間警備会社CGSと共に地球を目指す。だが、武装勢力に襲撃されたCGSは少年兵を残し撤退。残された少年たちはリーダー・オルガを中心に「鉄華団」を結成し、護衛任務を続行する。