神の手とまで言われる高度な医療技術を持ちながらも、医師免許を持たず闇医者として活躍する天才外科医ブラック・ジャックの物語。ファイナルのカルテ11では、ピノコ出生のエピソードをオリジナル解釈により映像化。
裕福な家で育ち、美しい母と有能な父を持った少年、間黒男。少年の未来への道は、明るく希望に満ちていたはずだった。しかし、一発の不発弾が、一瞬にして少年の未来を打ち砕いた。爆発事故が原因で母は死亡し、家庭は崩壊、少年は身体がバラバラになるほどの重傷を負い、誰もが少年の死を確信した。それを救ったのが本間という外科医だった。本間は諦めなかった。
21年前、不発弾事故で瀕死の重傷を負った間 黒男。不屈のリハビリで復活し、今では天才外科医「ブラック・ジャック」として活躍する彼の元に、ある日突然、音信不通だった父親が現れる。母親と幼い黒男を捨てた父との21年ぶりの再会。その直後、ブラック・ジャックの家が何者かに爆破される。やがて、ブラック・ジャック誕生の裏に隠された衝撃の真実が明らかになる！ いま、世界を揺るがす巨大な陰謀、そして、彼自身の運命との戦いが始まった！！
医療漫画の金字塔、手塚治虫の名作『ブラック・ジャック』の主人公である奇跡の天才外科医ブラック・ジャックの若かりし頃の姿を描く。 のちの「ブラック・ジャック」こと間 黒男は、子供の頃に命を助けてもらった外科医・本間に近付くため、医者を目指し技術を磨き続けている医学生。 彼はなぜ無免許で法外な金額を要求する闇医者「ブラック・ジャック」となったのか…！？ 1960年代を舞台にブラック・ジャックの知られざる過去を描き出す話題作！！