Agatha Cherry, jeune fille rousse de treize ans, est collégienne à Summerfield. Recevant d'un vieux Chinois des ballerines magiques, elle obtient le pouvoir de voler. Elle décide de devenir une super-héroïne, Enigma, justicière masquée à cape noire, justaucorps jaune, gants rouges et collants bleus. Munie de sa nouvelle identité de justicière, elle devra faire face à Faust, chef de gang gothique qui menace la ville.
Fantômette doit déjouer les plans criminels du Masque d'argent, de Cynica et du Furet dans la ville de Framboisy.
Furtive-ville est une jolie petite ville en proie aux manipulations du Masque d'argent. Ce dernier se présente comme le bienfaiteur de la ville mais ce n'est qu'une façade pour mieux commettre ses crimes. La police est évidement impuissante face à une telle couverture. Le sort de Furtive-ville repose donc entre les mains de Françoise Dupont, une jeune adolescente de 14 ans. Collégienne d'apparence, elle se transforme en justicière dès que les évènements le nécessitent. Son nom : Fantômette. Elle va devoir lutter contre celui que la ville considère comme son héros, le masque d'argent. Ce dernier est assisté d'une armée d'hommes de main et de trois lieutenants (le furet, Véra Vérabova et Söze). Contre cette formidable organisation du crime, Fantômette ne peut compter que sur elle-même puisque le commissaire Filloire semble dépassé par les évènements.