アメリカ麻薬組織の代表ロッキーから、シンジケートの香港支部長である周雷峰の暗殺依頼を受けたゴルゴ13は、香港へ飛んだ。ゴルゴがアメリカを発つ数日前、ビクトリア湾に全裸の男の死体が浮かんだ。捜査にあたった麻薬のスミニーと呼ばれる香港警察の主人刑事の鋭い眼は、死体の男がアメリカから派遣された殺し屋であったことから、麻薬のボス・周とアメリカの組織との間に亀裂が生じた結果とにらむ。そこで、香港から麻薬を一掃するチャンスとばかり捜査を開始する。スミニーは女刑事林玲を周の経営する「東方光」へ潜入させるが、林玲は麻薬の精製場である山小舎をつきとめたところで消息を断つ。スミニーはようやくのことで山小舎をつきとめるが、周の部下に爆破され、林玲は死亡する。ゴルゴは「東方光」で周に会うが、帰途、麻薬組織の男を撃ち殺した紅蘭という女を救う。香港警察の厳しい追求とゴルゴの出現に脅える周は、黒幕のXに助けを求めた。Xの指示どおり、周は市民に寄贈したプール開きに出席するが、側頭部を撃ち抜かれ即死する。だが、ゴルゴの銃から弾丸は発射されていなかった。周の情婦麗花の通報により、周殺害の犯人がゴルゴであると知らされたスミニーは、ゴルゴ逮捕に総力をあげる。危険を承知で「東方光」に向ったゴルゴは麗をベットに誘う。その時、ゴルゴは殺気を感じ、銃を撃つと“火喰い鳥”と呼ばれる南米随一の美人殺し屋が倒れていた。周殺しがこの“火喰い鳥”だとにらんだゴルゴは、麗花にXへ計画終了の電話をかけさせたうえ、彼女をも撃ち殺す。ポーラニア領事ポランスキーは、麻薬シンジケートのリストをFBIへの土産としてアメリカ亡命を企み、日本のアメリカ大使館に交渉した。この計画を知ったゴルゴは日本へ飛ぶが、ゴルゴを追ってきたスキニーに邪魔され、ポランスキーを逃してしまう。香港に戻ったポランスキーはアメリカからの連絡を待つ一方、石霊島に隠れ家を建て、厳重に警戒する。スミニーは、捜査網を張りめぐらし、遂にゴルゴを逮捕する。証拠不十分のため釈放されたゴルゴに、ポランスキーが雇った世界各国の殺し屋が襲いかかった。重傷をおったゴルゴは、紅蘭の手厚い看護によって救われる。ポランスキーの逃亡期日が迫っている事を知ったゴルゴは石霊島へ潜入する。処刑の部屋と呼ばれる脱出不可能とも思える所で、ゴルゴは殺し屋を倒す。スミニーが石霊島に到着した時、ポランスキーのためにFBIが用意したヘリコプターは離陸した。その時、ゴルゴの驚異的な威力を誇るアーマライトが火を吹いた。落下するポランスキーの手には麻薬組織の全貌の記録を詰めたアタッシュケースが握られていた。書類を手に入れたスミニー、役目を終えたゴルゴ。互いに激しい闘志をこめて対決する男と男の燃えたぎる鼓動のように飛び発って行くジャンボジェット機。--やがて、その機内に、次の標的に向かうゴルゴの姿があった。
Professional contract killer Duke Togo—codenamed "Golgo 13"—is hired to assassinate Robert Dawson, the son of oil baron Leonard Dawson and the heir of Dawson Enterprises, and succeeds. Later, after accomplishing a hit on a powerful crime boss in Sicily, Golgo is suddenly attacked by the U.S. military and discovers that his informant, the clockmaker, has been killed by Snake, a genetically altered assassin. Aided by The Pentagon, the Federal Bureau of Investigation, and the Central Intelligence Agency, Dawson has become determined to kill Golgo and avenge his son's death.
Golgo 13 is hired to assassinate Queen Bee, the second-in-command of a South American rebel army, to prevent her from killing the United States democratic presidential nominee.
Duke Togo is a professional assassin. His age and birthplace are unknown and there is no consensus in the worldwide intelligence community as to his true identity. Most of his jobs are completed through the use of a customized, scoped M16 rifle.