Shun Kenzaki se probudí na palubě vesmírné lodi Origin, která letí k planetě Thea, vzdálené 5 světelných let od Země. Shun se prochází prázdnými chodbami lodě, když narazí na Lanu, která se probrala ve stejném čase, jako on. Zakrátko na to se probudí i další dobrovolníci, kteří se přihlásili na cestu. Zmatení pasažéři chtějí vědět, proč se probrali uprostřed vesmíru a kam se vypařila posádka s dalšími cestujícími. Společně se pouštějí do odhalování toho, co se stalo.
Flashback: Shun pracuje jako zabiják pro Yakuzu a neštítí se ničeho. Cestu ven z jeho bezvýchodné situace mu nabízí bratr Takeshi pracující pro policii. Společnost SIREN hledá dobrovolníky ke kolonizaci planety Thea. Výměnou za tuto službu je smazání všech zločinů v rejstříku trestů a možnost začít nový život. Shun souhlasí pouze pod podmínkou, že se bratr k němu přidá.
The passengers wake up on board the Origin, abandoned in space. They search for other survivors, but find something else entirely.
Les passagers se réveillent à bord de l'Origin, abandonnés dans l'espace. Ils recherchent d'autres survivants, mais trouvent complètement autre chose.
Os passageiros acordam a bordo de Origin, abandonados no espaço. Eles procuram por outros sobreviventes, mas encontram uma coisa totalmente diferente.
Пассажиры космического корабля «Ориджин» просыпаются где-то далеко от места назначения. Среди них проявляется лидер, а о прошлом одного из героев мы узнаём чуть больше. Ли удается узнать причину их пробуждения и исчезновения всех людей. Лана и Шун сталкиваются с одним из членов экипажа.
Los pasajeros despiertan a bordo de la Origin, abandonados en el espacio. Buscan otros supervivientes, pero encuentran una cosa muy diferente.