12,000 years after the events in Genesis Aquarion, humans live on the star Vega under constant threat of trans-dimensional beings called Abductors. These enemies originate from Vega’s sister star Altair and raid Vega for human life. As a countermeasure, an organization known as Neo-DEAVA formed to combat the Abductors. They pilot advanced mecha suits called Aquaria and are strictly separated by gender. Boys and girls are not allowed contact; they are even restrained from fighting on the same battlefield. However, events take a shocking turn when an advanced Abductor mecha suit joins the fray. Two teenagers, Mikono and Amata, are dragged into the conflict. Unknowingly, Amata performs a taboo when he summons an Aquaria and initializes what is called the Forbidden Union between male and female Aquaria. Neo-DEAVA is shocked, and the repercussions of Amata’s actions are much farther reaching than he realizes.
アクエリオンのかつての激戦から1万2千年後――次元ゲートを超えた「異次元」からのアブダクターが人間を拉致し、その襲来に人々はおびえて暮らしていた。これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。構成する3機のベクターマシンに乗り込むのは、学園「ネオ・ディーバ」に集められた若きエレメント候補生たちである。だが学園の男女間は恋愛できないよう障壁で隔てられ、男女間の合体もかたく禁止されていた。ある日、エレメント能力を隠して孤独に生きてきた少年アマタは、少女ミコノと運命の出逢いをはたす。危機を目前にして彼女を抱いたままベクターマシンに乗りこんだアマタは、無意識に叫んだ!――永らく禁じられた、その言葉を・・・。その真の姿が明らかになったとき、敵味方のすべてが変わり始める。恋愛禁止、男女合体禁止の状況で、《終わりを抱いた神話》が、いまここに起動する!
Eigentlich wollte sich Amata mit dem schüchternen Mädchen Mikono nur über den alten Film unterhalten, in dem sie sich zuvor kennengelernt haben, doch wird ihr Date schlagartig durch einen Angriff der Abductor unterbrochen. Diese Geschöpfe kommen aus einer fremden Galaxie, um Menschen zu entführen. Die Einzigen, die den feindlichen Invasoren aufhalten können, sind die Aquaria, riesige Kampfroboter, die entweder von Mädchen oder Jungen gesteuert werden. In all dem Chaos erwacht in Amata plötzlich eine neue Kraft, mit der er die verbotene Macht der mixed union herbeiruft, um die Feinde zu besiegen.
Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi de la planète Altair dont la population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie. Les Alteans en utilisant leurs "ravisseurs", envahissent les villes de Vega et kidnappent ses habitants à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour d'Altair
Pour se défendre contre l'invasion, le Neo-DEAVA organisation établit deux équipes, l'une composée d'hommes seulement et l'autre de femmes, chacun pilotent leurs propres machines géantes appelées "Aquaria". Afin de protéger sa nouvelle amie Mikono, Amata Sora utilise son pouvoir dont il avait gardé dans le secret toute sa vie. Il va combiner les pilotes Vector avec son ami dans un seul robot, l'Aquarion géant légendaire va renaître une fois de plus.
12.000 años después de los eventos en Génesis Aquarion, los humanos viven en la estrella Vega bajo la constante amenaza de seres transdimensionales llamados Abductores. Estos enemigos se originan en la estrella hermana de Vega, Altair, y atacan a Vega en busca de vida humana. Como contramedida, se formó una organización conocida como Neo-DEAVA para combatir a los Secuestradores. Pilotan trajes de mecha avanzados llamados Aquaria y están estrictamente separados por género. No se permite el contacto a niños y niñas; incluso se les impide luchar en el mismo campo de batalla. Sin embargo, los eventos toman un giro impactante cuando un mecha traje de secuestrador avanzado se une a la refriega. Dos adolescentes, Mikono y Amata, se ven arrastrados al conflicto. Sin saberlo, Amata realiza un tabú cuando convoca un Acuario e inicializa lo que se llama la Unión Prohibida entre Acuarios masculinos y femeninos.
Спустя 12000 лет после ожесточенных боев с Акварионами, которые стали легендарной... Люди живут в страхе перед Похитителями, которые спускаются из другого измерения. Знакомства и унификация между парнями и девушками запрещены. Однако при судьбоносной встрече между одиноким парнем Амата и девушкой Миконо все изменяется. Сейчас любовь запрещена, новое объединение Легенды готово, чтобы активироваться! История второго сезона состоится через двенадцать тысяч лет после событий первого сезона в городе по образцу Гонконга. Новые персонажи будут пилотировать новых роботов и будут сражаться с Похитителями, так как они перевоплощение Аполло, Сильвии и других героев.