I det første program møder vi nogle af de unge, der har måttet flygte til Danmarks bedst beskyttede krisecenter, RED, fra deres familie, som synes, at de unge var blevet 'for danske'. TV 2 Dokumentar sender et ungt par undercover i Gellerupparken ved Aarhus for i tre måneder at leve som Fatma og Muhammed, der lige er ankommet til Danmark. De besøger moskeen på Grimhøjvej for med skjult kamera at dokumentere, hvad der bliver sagt i moskeen.
I det andet program, hvor TV 2 Dokumentar undersøger, hvordan religiøse ledere rådgiver om spørgsmål, der har betydning for integrationen, følger vi igen det unge par, Fatma og Mohammed, der er gået undercover i det muslimske miljø. I dette program undersøger TV 2 Dokumentar, hvordan der bliver rådgivet i spørgsmål, der vedrører kvinderettigheder og ligestilling. Fatma opsøger imamer i moskeen på Grimhøjvej og i Fredens Moske i Aarhus for bl.a. at få råd om, hvordan man skal forholde sig i et ægteskab med problemer. Fatma får også adgang til et somalisk miljø, hvor børn og unge undervises i koranskole mange timer hver weekend.
I det tredje program, hvor TV 2 Dokumentar undersøger, hvordan religiøse ledere rådgiver om spørgsmål, der har betydning for integrationen, besøger det unge par Fatma og Mohammed moskeer i København og Odense. Det sker for at undersøge, om de bliver rådgivet på samme vis om kvinderettigheder og ligestilling som i Aarhus, hvor de er blevet rådgivet i flere moskeer. Til sidst vil Fatma og Muhammed forsøge at få adgang til det shariaråd, som de har hørt findes i Aarhus. Spørgsmålet er, hvordan rådet vil rådgive i den sag, som Fatma og Mohammed bringer frem.
I dette program følger TV 2 Dokumentar op på 'Moskeerne bag sløret' og undersøger, hvordan offentlige midler er med til at støtte foreninger, som er tilknyttet nogle af de moskeer, der er omtalt i de tre programmer i 'Moskeerne bag sløret'. Samtidig ser programmet på, om danske myndigheder har levet op til deres ansvar med at sikre, at pengene er gået til de oplyste formål i foreninger og friskoler. Spørgsmålet er, om myndighederne har svigtet, og om skattekroner i virkeligheden har været med til at skabe parallelsamfund i Danmark?
Cecilie Beck er vært, når der inviteres til debat om, hvad vi stiller op med de imamer, der modvirker ligestilling og integration og i stedet medvirker til at skabe et parallelsamfund. Blandt gæsterne er Bertel Haarder (V), Nicolai Wammen (S), Peter Skaarup (DF), Pelle Dragsted (EL), Ahmad Mahmoud, forfatter til 'Sort land', Geeti Amiri, der selv har oplevet vold og kvindeundertrykkelsen i sin muslimske familie og Kodes Hamdi, talskvinde for Stormoskeen i København.
