Il film segue la storia di Frankie, parrucchiera di Pittsburgh che dopo aver ricevuto in dono dalla madre un rosario incomincia a presentare i segni delle stigmate di Gesù Cristo, e padre Andrew Kiernan, un ex scienziato ora prete gesuita che, come parte della Congregazione per le cause dei santi, investiga per il Vaticano sulla veridicità dei vari miracoli che vengono acclamanti in giro per il mondo.
Kiernan, al culmine delle indagini, scopre che le stigmate derivano dallo spirito di padre Paulo Alameida (al quale apparteneva il rosario), che era stato scomunicato per non aver interrotto la traduzione e successivamente rubato i manoscritti di un Vangelo (apocrifo) contenente verità che andavano a minare l'autorità della Chiesa stessa in quanto istituzione.
Quando il cardinale Daniel Houseman, un uomo di potere al Vaticano, per paura che il tutto torni a galla, cerca di uccidere Frankie, Kiernan reagisce, riuscendo a mandare in pace lo spirito di Alameida e salvare la ragazza.
Oltre i titoli di coda sono presenti alcune scene non inserite nel film.
In the Brazilian village of Belo Quinto, Father Andrew Kiernan, a former scientist and a Jesuit priest who investigates supposed miracles, examines a statue of the Mary, mother of Jesus weeping blood at the funeral of Father Paulo Almeida, who had previously experienced stigmata. While Andrew is collecting evidence, a young boy steals a rosary from the father's hand. The boy later sells it to a woman in a marketplace, who sends it to her daughter, Frankie Paige, living in Pittsburgh.
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